上海巴斯德研究所实行理事会领导下的所长联合负责制，努力建成一个为中国及上海地方提供传染病研究的公共平台。作为巴斯德研究所全球研究、医疗网络的成员之一，上海巴斯德研究所的科学家将同全球最顶尖的传染疾病专家协作，共享最新资源和研究成果，争取建设成为世界公认的高水平研究机构。
上海巴斯德研究所（筹）的宗旨是致力于中国传染病领域的研究、特别是病毒性疾病，服务于中国公共健康需求。组织针对传染性疾病的基础与临床相结合的攻关性研究，创建以研究生教育为主、兼顾各层次专业培训的教育基地，推动技术创新和科技成果转化，以多种方式为公众健康服务。 前沿的科学研究
服务于公共卫生健康事业
严格的科学教育和培训 2004年1月28日，在中国国家主席胡锦涛和法国总理拉法兰的见证下，中国科学院副院长陈竺和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基签署了中国科学院与法国巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向书。
2004年3月-8月，谈判合作协议
2004年3月，法国代表团访问中科院
2004年5月，中科院代表团访问巴斯德所
2004年8月30日，中国科学院、上海市人民政府和法国巴斯德研究所在上海签署建立中国科学院上海巴斯德研究所的合作协议，中国科学院副院长陈竺、上海市副市长严隽琪和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基出席了签字仪式。
2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式，法国总统希拉克、中科院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。
经过专家委员会严格选拔，2005年7月，第一批4名科学家被聘任为研究组长，并正式在上海巴斯德所建立实验室。
2006年12月，上海巴斯德研究所人员已拥有一支由72人组成的队伍，图为理事会与研究所全体人员合影。 中国科学院价值理念(科学、民主、爱国、奉献；唯实、求真、协力、创新)，和巴斯德理念(高水平研究、积极参与公共卫生健康事业、致力于教育培训)指导上海巴斯德所的行动和伦理准则，满足公共健康的需求。
上海巴斯德所通过研究、参与公共卫生健康事业、教育培训致力于为传染病预防和治疗做出贡献。重点开展以下活动：
传染性疾病特别是重大病毒性传染病的研究(艾滋病、呼吸性疾病包括SARS和禽流感、乙肝和丙肝、脑炎等)
积极参与公共卫生健康事业，通过高水平研究为完善高效流行病监测体系和新生病毒鉴定做出贡献。
搭建生物技术平台，为发展传染病诊断、疫苗和治疗药物服务。
针对传染病和传染病预防与控制的培训和教育
以及，将来开展技术转让，将研究成果转化为应用，服务于科研，包括建立企业孵化器，根据需要提供各种技术服务。
上海巴斯德所致力于成为传染性疾病领域具有国际先进水平的研究机构。上海巴斯德所的研究重点首先是与中国密切相关的疾病，如艾滋病,SARS, 流感、乙肝病毒和丙肝病毒引起的肝炎、以及人畜共患病，如对人类健康和生命威胁最大的禽流感和日本脑炎。上海巴斯德所在病毒的基础和应用研究方面已经取得重要进展，为其在新生病毒性疾病及其治疗和预防领域成为先进水平的研究中心奠定了基础。在急性呼吸性疾病研究领域，由法国巴斯德研究所协调的一个亚太地区国际合作研究联盟已见成效。2006年末，我们启动了肝炎和其他肿瘤病毒的项目，开展新的艾滋病研究项目将成为未来几年工作的重点之一。
