如今，中国初步建立了比较系统和科学的财政国库管理制度，该制度的基础为国库单一账户体系，主要形式为资金缴拨的国库集中收付。但是国库集中收付制度改革中尚存在一些问题，急需改革。
1.概念模糊。国库集中收付作为国库单一账户改革的核心内容，需要严格区分公共财政、国库单一账户、国库集中收付这三个概念。然而，笔者调查发现，部分基层工作者对这三者及三者之间的内在联系存在着模糊的认识，甚至认为国库集中收付就是会计集中核算。这种概念上的模糊导致实践工作失误频频发生，严重阻碍了国库集中收付制度的建立与完善，阻碍公共财政制度对市场经济的保驾护航作用。
2.国库单一账户改革执行不到位。笔者调查发现，在预算的执行过程中，资金的安排使用比较分散，表现为各项财政支出由财政内部各业务分管部门和各主管部门等多个机构进行二次分配，资金分散在各主管部门、基层用款单位的银行账户中自行使用。这种资金的分散安排导致了财政支出管理的混乱，其危害表现在：
第一，对财政支出过程无法进行有效的刚性管理，加大了信息不对称的财政风险。财政对于用款单位使用资金的用途、方式和时间等难以实施事中的监督与控制，财政管理的途径只能按照各级预算单位上报的资金使用财务报告，来被动地了解预算资金的静态使用情况，这种信息不对称加大了财政风险，后果不堪设想。
第二，资金到位不及时，严重影响支出进度，产生财政效率损失。按照公共财政理论，财政支出也要重视效率，其中经济效率和行政效率是决定财政支出效率的关键。在实际工作中，由于拨款资金从财政拨出之后需要经过多个环节，即财政部门内部——主管部门第二次分配——转拨二级会计单位——用款单位——供应商，所以既影响了行政效率也损害了经济效率，甚至影响到社会经济建设的效率。
第三，容易出现资金滥用、违反财经法律法规的情况。公共财政制度作为制度经济学的范畴,用款单位拨款与财政部门用款之间实际上是动态博弈的过程。在这个过程中，用款单位的“自利”倾向会利用财政资金分散安排的弱点来挪用、滥用财政资金，甚至任意挥霍预算外资金，这将严重阻碍中国公共财政目标的实现，甚至影响到整个社会的稳定。
3.规范国库集中支付执行机构的力度较小。笔者调查发现，由于国库集中支付改革侧重于规范和监督预算单位的资金使用，而对于国库集中支付执行机构的行为的规范力度相对较小，忽视对执行环节的管理，这就出现了“谁来监督执行者”的问题。这种监督的弱化会导致执行环节的权力膨胀，滥用职权与用款单位“合谋”，由原来的财政、执行部门、用款单位之间的三方博弈演变为财政、执行部门和用款单位之间的两方博弈，财政占优的概率大大降低，从而加大了财政风险。
4.横向信息管理系统的建设滞后。笔者调查发现，财政、税务、国库之间横向联网的管理信息系统建设滞后。建立完整的基于现代化电子网络的横向信息管理系统，能够有利于加强财政监管，提高资金使用效益，为实现国库单一账户体系的目标提供先进的技术保证。尽管现代化的银行支付系统和国库操作系统已经初步建立并投入使用，但是财政、税务与银行（国库）三者之间的横向联网的管理信息系统建设比较滞后，导致现代国库管理制度的高效运作缺乏基础条件，严重影响了财政的监督作用，降低了财政政策的实施效率。
