1927年，国民政府在蔡元培的倡导下，为改革教育行政制度，仿照法国模式，设立大学院并推行大学区制。大学院成为全国最高学术教育机构，大学校长由中央任命，参与地方教育决策。初期在浙江、江苏试行，1928年北平增设大学区，但改革遭遇阻力，蔡元培辞职后，大学院改回教育部，大学区制最终在1929年因反对声浪和经费人事问题被停止。
同年3月，国民革命军北伐期间，国立东南大学因战事停课，后由卢晋侯维持校务。4月国民革命军接收学校财产，任命卢锡荣为保管委员。6月9日，国民政府将九所江苏高校合并组建国立第四中山大学，以纪念孙中山并根据攻占顺序命名为“第四中山大学”。校长张乃燕接任并筹备大学区工作，原教育厅改为第四中山大学区教育行政机构。
接收过程中，各校如国立东南大学、河海工程大学等被逐一接收和整合，设立商学院、医学院等学院，并制定了接收和甄别学生入学的规则。1927年8月，学校开始审查和招生，9月开学典礼因战事未能如期举行，但10月补办了开学典礼，当时师生人数众多，课程众多。
然而，1927年11月，因全国中山大学过多，校名混乱，大学院改第四中山大学为“江苏大学”。此决定遭到师生反对，他们主张更名“国立南京大学”，理由包括国际性、永久性、权威性和全局性，但最终国民政府坚持改名“江苏大学”，后又改为“国立中央大学”，校名争议才告一段落。
国立第四中山大学是1927年6月至1928年2月在中国南京办学的一所综合性大学，是当时中国五大中央级国立中山大学之一。由原国立东南大学及其衍生出的河海工科大学、上海商科大学、江苏法政大学及其他几所专科以上院校合并组建，合并后初设九个学院，即自然科学院、社会科学院、文学院、哲学院、教育学院、工学院、农学院、商学院、医学院，及附属实验学校。1928年2月，因校名易致混淆且不合常规改为“国立江苏大学”，4月5日开始只称“江苏大学”，1928年5月更名“国立中央大学”，1949年8月更名“国立南京大学”，1950年定名“南京大学”。