补考费没有交清，不会影响你跑长途，但是会影响你约考科目三的路考，你可以跑完长途以后，缴清各个科目的补考费，然后就可以约考路考了。
驾照科目二补考费可以自行交纳也可通过驾校或教练交纳，交纳补考费后才能预约下次补考。
一般通过驾校或教练交纳补考费会比自行去交纳要收取的费用高，因为教练会多收取一部分因补考而产生的后期练车费用。
如果自己交纳了补考费而没有通过教练交纳，那么教练就少收取了一部分费用，说不管你们的意思有可能就是后期不会给你们提供练车的机会了。
所以针对这种情况在报名驾校的时候就看当时有没有签订相关针对补考所产生的相关费用和练车等方面的合同或协议。如果合同或协议说明有免费提供因补考所产生相关费用和练车等方面的服务，那么教练就必须为你们提供练车和相应的培训服务，否则可凭合同或协议进行投诉。
你们没有理解你师傅的意思了。自己交，只是纯粹的补考费，师傅代交，还要收复训费，不好开口，就抬高补考费了。处理的方法很简单。要么给些油钱给教练，要么到驾校投诉，但补考总是很郁闷的。
建议你去淘宝网看看《驾考秘籍》新规修订版书。按书的方法，下次考试，一次过，基本没有什么问题了。