在繁华背后的日本，主人公立花泷（阿天）的生活看似平凡，却在一次偶然的邂逅中揭示了社会阶层的严酷现实。他遇见了代表权力阶层的国会议员，一位滥用职权的恶棍。阿天的正义感驱使他挺身而出，然而，这一举动却带来了意想不到的后果——他被陷害，警察的腐败使他陷入困境，被迫转学到私立秀尽学园，仿佛一座囚禁自由的牢笼。
在去往新学校的路上，阿天遇见了他的革命伙伴坂本龙司，他们一起误入了神秘的异世界。异世界揭示了现实的黑暗面——体育老师鸭志田卓掌控着学园，残酷压迫底层学生。龙司和阿天在共同的苦难中找到了共鸣，他们决定联合反抗，异世界成为他们的战斗舞台。在行动中，他们意外卷入了同学高卷杏，尽管龙司曾有过狭隘的江湖义气，但最终他们团结起来，共同对抗鸭志田的暴政。
“心之怪盗团”正式成立，吸收了更多寻求解放的灵魂，如被剥削的画家喜多川佑介、黑帮受害者新岛真，以及有着悲惨家庭背景的佐仓双叶和奥村春。他们不仅打击恶势力，也深入群众内心，传播革命理念。然而，统治阶级的反击使怪盗团面临巨大压力，直到明智吾郎的出现，他提出并肩作战，共同对抗那些意图瓦解革命的敌人。
在一场决定性的战斗中，阿天以英勇的牺牲精神掩护队友逃脱，而他自己却落入了陷阱。尽管面对严酷的审讯，阿天的坚定信念和真实情感赢得了新岛冴的理解，她成为了他们的盟友。然而，真相揭露的那一刻，明智吾郎的背叛揭示了更深层的阴谋，怪盗团不得不面对更强大的敌人。
在与幕后黑手的对决中，阿天揭露了国会议员的真实面目，他们的努力终于拯救了日本，打破了压迫者的幻想。然而，革命胜利后的世界并未如他们所愿，人们依然未能看清怪盗团的真正价值，这促使他们深入内心世界寻找答案。
在最深的印象空间，他们发现了一个名为圣杯的虚幻力量，它反映了民众的幻想和期待。面对这个汲取力量的圣杯，怪盗团意识到，真正的革命并非仅仅是推翻压迫，而是要打破人们心中的圣杯，唤醒他们的觉悟。在与伪神亚尔达拜特的决战中，阿天和他的战友们以信念和团结，赢得了全人类的解放，但也失去了进入异世界的能力，因为社会的变革已经实现了他们的目标。
这场革命，不仅是阿天与伙伴们的成长历程，更是对全球人类的启示。他们失去的只是束缚，收获的却是全世界的理解和自由，一个没有压迫的新世界在他们手中诞生。