（一）取消已由云南省人民政府公布取消的行政审批事项。
（二）将国产水质处理器和防护材料、与饮用水接触的新材料和化学物质的技术评估，建设项目职业病危害评价（乙级），职业病防护设施与个人职业病防护用品效果评价交给事业单位。
（三）将餐饮服务许可，餐饮业、食堂等消费环节食品安全监管和保健食品、化妆品卫生监管的职责，划给云南省食品药品监督管理局。
（四）划入云南省食品药品监督管理局承担的综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责。
（五）增加组织起草食品安全标准，建立基本药物制度的职责。
（六）加强食品安全综合监督的职责。加强对医疗服务、公立医疗机构的监督管理。强化社区卫生服务。
（七）深化医药卫生体制改革，坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重的方针，坚持为人民健康服务的方向。 （一）推进医药卫生体制改革。拟订卫生改革与发展战略目标、规划和方针政策，起草卫生、食品安全、药品、医疗器械相关地方性法规和政府规章草案，制定卫生、食品安全、药品、医疗器械规范性文件，依法制定有关地方标准和技术规范。
（二）负责建立基本药物制度并组织实施，组织制定基本药物目录。组织制定药物政策，拟订基本药物采购、配送、使用的政策措施，会同有关部门提出基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出基本药物价格政策的建议。
（三）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，组织制定食品安全标准，负责食品及有关产品的安全风险评估、预警工作，制定食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范，统一发布重大食品安全信息。
（四）统筹规划与协调卫生资源配置，指导区域卫生规划的编制和实施，组织制定并实施农村卫生发展规划和政策措施，负责新型农村合作医疗的综合管理。
（五）制定社区卫生、妇幼保健发展规划和政策措施，规划并实施社区卫生服务工作，负责妇幼保健的综合管理和监督。
（六）负责疾病预防控制工作，制定实施重大疾病防治规划与策略，制定免疫规划及政策措施，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，发布法定报告传染病疫情信息。
（七）负责卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（八）起草促进中医药事业发展的地方性法规和政府规章草案，制定中医药中长期发展规划和政策，并纳入卫生事业发展总体规划和战略目标。
（九）指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
（十）负责医疗机构（含中医院、民族医院等）医疗服务的全行业监督管理，按照规定和要求制定医疗机构医疗服务、技术、医疗质量和采供血机构管理的政策、规范、标准，组织制定医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。
（十一）组织制定医药卫生科技发展规划，组织实施重点医药卫生科研攻关项目，参与制定医学教育发展规划，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十二）指导卫生人才队伍建设工作，组织拟订卫生人才发展规划，会同有关部门制定卫生专业技术人员资格标准并组织实施，组织指导卫生方面的对外交流合作与卫生援外有关工作。
（十三）负责云南省干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，负责省直和中央驻昆单位、部门有关干部医疗管理工作，负责重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（十四）承担云南省爱国卫生运动委员会、云南省中医药工作领导小组和云南省防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（十五）承办云南省人民政府交办的其他事项。
