二者各有各的特点，评价好与不好和个人的观点和角度不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、南通大学
学校始建于1912年，源自张謇先生创办的私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校。2004年5月经教育部批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所省属公办本科院校合并组建新的南通大学。
2、扬州大学
扬州大学前身是1902年由张謇创建的通州师范学校和通海农学堂。1992年经国家教委批准，扬州大学由扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校合并组建。
二、学校规模不同
1、南通大学
截至2020年，学校有4个校区，占地面积3700余亩，建筑面积近100万平方米，设有22个学院、1个独立学院，有全日制在校本科生近40000余人，研究生2700余人，留学生750余人。
2、扬州大学
截至2020年，校园占地面积4000多亩，校舍建筑面积160多万平方米。有全日制本科生26500多人，各类博、硕士研究生13300多人。
三、院系设置不同
1、南通大学
南通大学文学院、南通大学理学院、南通大学政治学院（马克思主义学院与其合署）、经济与管理学院等20个学院、1个独立学院。
2、扬州大学
社会发展学院、物理科学与技术学院、化学化工学院、教育科学学院（师范学院）、学前教育学院、数学科学学院等29个二级学院及1个独立学院。
四、学校特色不同
1、南通大学
省部共建大学、省属重点建设大学、卓越医生教育培养计划、卓越教师培养计划。
2、扬州大学
省部共建高校、省属重点大学、国家特色重点学科项目建设高校、教育部卓越工程师教育培养计划高校、首批卓越农林人才教育培养计划项目试点高校、江苏高水平大学全国百强省属高校建设计划。
五、主要奖项不同
1、南通大学
国家技术发明二等奖、国家级教学成果一、二等奖。
2、扬州大学
国家科学技术奖二等奖14项（截至2019年6月）、国家级教学成果奖二等奖4项（截至2019年6月）
国家和部省级科技成果奖168项（“十二五”以来，截至2019年6月）、全国优秀博士学位论文4篇（截至2016年3月）、全国创新创业典型经验高校（2018年）、省高等教育教学成果奖特等奖5项（截至2019年6月）、国家研究生教育成果奖二等奖1项（截至2019年6月）。
参考资料来源：百度百科-南通大学
参考资料来源：百度百科-扬州大学