南京医学院徐州分院 1958年4月10日，徐州市有关部门拟出《关于成立徐州医学院专科学校的方案》（草案）。
1958年4月21日，拟出《关于成立徐州医学专科学校的修正草案》。草案中提出，医设医疗系，学制三年。
1958年4月21日，徐州医学专科学校筹备委员会成立。
1958年7月3日，徐州医学专科学校筹委会拟出《关于成立南京医学院徐州分院的方案（草案）》。方案中提出，设医疗系本科，学制五年。筹建事宜，由原医专筹委会办理。
1958年7月15日，经江苏省委批准，南京医学院徐州分院正式成立。学校临时校址在徐州市三民街238 号（原医士助产学校旧址）。一幢建筑面积约1400平方米的两层楼房，作为教研组用房及教室，另有数十间平房，用作办公室、图书馆、学生宿舍、伙房、食堂等。
1958年8月18日，江苏省人民委员会通知：“南京医学院徐州分院管理单位为南京医学院、江苏省卫生厅。”
1958年9月1日，江苏省卫生厅发文通知，将南京医学院徐州分院委托徐州专署领导。
1958年9月21日，学校1958级230名新生入学；9月23日，南京医学院徐州分院举行开学典礼。结束了徐海地区（徐州、海州-即连云港）没有高等医学教育的历史。 新海连医学专科学校 1958年9月，经江苏省人民委员会批准，新建新海连医学专科学校，校址位于新海连市（今连云港）海州结核病院内。
1959年4月，因国民经济困难，按照经江苏省委批转的省高教厅党组“关于本省现有高等学校调整方案”，对高等医药院校进行了调整。决定将新海连医学专科学校并入南京第一医学院徐州分院。
1959年4月6日，徐州地委召集南京医学院徐州分院党委正副书记及新海连医学专科学校领导人开会，讨论两校合并问题，并成立了并校委员会。
1959年4月24日，新海连医学专科学校并入南京医学院徐州分院。
1959年4月25日、26日，新海连医学专科学校学生50名和15名教职工于先后由新海连市（连云港）迁往徐州，并暂编为58级的一个班。各开课教研组根据“先教学，后一般；先跟上，后补齐”的原则，较妥善地解决并校医专学生的教学问题。 徐州医学院 1960年8月10日，经江苏省委批准，南京医学院徐州分院正式更名为徐州医学院。
1961年11月，学校由临时校址（三民街南首）迁入新校区（淮海西路84号）。
1971年2月8日，江苏省卫生厅同意学校开展中药麻醉的研究工作并拨款。
1980年7月16日， 省卫生厅批复，同意学校建立生物化学研究室和寄生虫学研究室。
1983年12月，学校向省高教局首次提出在徐医创办麻醉学专业的申请。
1985年7月，学校首次招收生物化学专业硕士研究生和麻醉专业硕士研究生，开始举办硕士研究生教育。
1987年9月3日，学校正式成立麻醉学系，下属六个教研室。
1991年12月20日，学校在徐州市、淮阴（淮安）市、连云港市等地的8所医院正式挂牌“徐州医学院教学医院”。
1995年3月31日，麻醉学、生物化学两个省级重点学科的揭牌仪式在学校举行。
1996年开始，学校相继与中科院上海药物所、大连医科大学和中国科技大学联合培养博士生。
1996年7月，徐州医学院与中国医科大学联合培养的首届麻醉学专业博士研究生毕业。
2000年1月8日，连云港市第一人民医院成为徐州医学院附属连云港医院。
2000年4月13日，省教委、徐州市人民政府在学术报告厅召开会议，宣布省政府关于将徐州卫校并入医学院的批复（苏政复〔2000〕67号）和省教委关于将卫校并入徐医的通知（苏教计〔2000〕84号）。
2000年5月11日，学校决定成立徐州医学院分院和徐州医学院中专部，分院和中专部均为正处级建制。
2000年10月17日，淮阴（淮安）市第二人民医院成为徐州医学院附属淮阴医院。
2000年12月4日，江苏省发展计划委员会和江苏省教育厅联合发文（苏计社发（2000）517号），批复学校关于申请校区扩建工程可行性研究报告的请示，同意学校按现代教学要求，在徐州市铜山路南侧、徐州医学院分院以东地块扩建学校校区。
2001年3月6日，经卫生部批准，全国麻醉学专业命题基地在学校设立。
2001年5月10日，解放军第97医院成为徐州医学院附属淮海医院。
2002年3月15日，省教育厅正式批复（〔2000〕49号），同意学校与徐州市东方专修学院合作，举办公有民办二级学院——华方学院。9月6日，学校发文决定成立华方学院，任命梁平同志为首任党支部书记（正处级）、孔庆兖同志为首任院长（正处级）。
2003年2月16日，新校区建设项目正式开工，总建筑面积约27000平方米。
2003年2月27日，中国医科大学在学校建立麻醉学博士学位研究生工作站并举行揭牌仪式。
2003年9月10日，徐州市第一人民医院成为徐州医学院附属徐州市立医院。
2004年3月25日，徐州医学院附属连云港临床学院成立。
2005年2月，学校新校区一期工程全面投入使用，新校区为主校区，淮海西路校区为西校区，原在东校区的成人教育学院迁至主校区，东校区不再办学。3月14日，学校党委根据校区功能的转移，决定撤销分院建制，同时撤销分院党工委。
2005年12月，学校以“优秀”成绩通过了国家教育部本科教学工作水平评估。
2005年12月21日 根据省教育厅《关于同意徐州医学院接受徐州铁路医院的批复》（苏教财〔2005〕43号）文件精神，经与徐州市人民政府充分协商，学校正式接办徐州铁路医院并将徐州铁路医院更名为徐州医学院附属第三医院（正处级建制）。
2009年3月，学校“申报博士点”工作取得重大阶段性胜利，该校通过博士学位授权立项建设单位。
2009年4月18日，学校在吴江市人民医院举行教学医院揭牌；4月21日，学校举行徐州医学院盐城临床学院签字仪式。
2010年9月23日，徐州医学院附属徐州口腔医院挂牌仪式在徐州市口腔医院隆重举行。
2010年11月15日，学校与宿迁市卫生局举行对宿迁市人民医院进行联合办院暨共建徐州医学院附属宿迁医院签字仪式。
2011年3月7日，徐州市人民政府批准学校生物技术与新医药科技产业园建设规划，这是学校建设教学科研型医科大学迈出的重要一步。
2011年3月8日，徐州医学院附属徐州妇幼保健院揭牌庆典仪式在徐州市妇幼保健院举行。3月10日，徐州医学院江阴临床学院揭牌仪式在江阴市人民医院举行。11月1日，学校举行徐州市东方人民医院作为徐州医学院附属徐州东方医院签约仪式。
2011年11月1日，徐州医学院附属医院博士后工作站与南京医科大学博士后流动站联合培养博士后签约仪式在学校举行。
2012年12月18日，徐州医科大学与邳州市政府共建徐州医学院附属邳州医院签约仪式在邳州市人民医院举行。
2013年，徐州医科大学成为博士学位授予单位。 徐州医科大学 2015年5月17日，徐州市政府与徐州医学院签署共建“徐州医科大学”战略合作框架协议。
2015年6月学校参加省政府组织的江苏省高校设置工作答辩会议，学校办学历史、办学实力和办学水平得到与会专家的高度认可。
2015年7月26日，江苏省政府正式行文商请教育部同意该校更名为徐州医科大学。
2015年9月15日，学校接受全国高校设置委员会专家组进校考察。
2015年10月16日，学校更名工作在全国高校设置委员会六届五次会议高票通过。
2015年9月，教育部根据《关于“十二五”期间高等学校设置工作的意见》的部署和要求，审批设置2015年中东部地区本科学校，同时审批部分独立学院转设为独立设置民办本科学校。其中，徐州医学院拟更名为徐州医科大学。
2016年1月，教育部发布《关于2016年教育部拟批准设置高等学校的公示》，徐州医学院拟更名徐州医科大学。
2016年3月1日，教育部下发《关于同意徐州医学院更名为徐州医科大学的函》。
2016年3月21日，江苏省人民政府发布了《省政府关于徐州医学院更名为徐州医科大学的通知》。
