建湖县经济和信息化委员会的内设机构主要包括以下几个部门，每个部门负责不同的经济和信息化工作。
1. 办公室（行政许可服务科）：负责机关的党建工作、效能建设、政务公开、行政许可服务、政策操作流程制定、行政协调、年度工作目标设定、内部管理规定制定、综合文稿起草、会议组织、财务资产管理、人事管理、建议提案处理、宣传教育等事务。
2. 产业发展科（行业发展科、研究室）：承担宏观经济研究、产业发展策略制定、企业规划编制、重点行业研究、产业政策实施、法规宣传、行业管理、行业协会工作、危险化学品管理、环保审查等工作。
3. 经济运行与服务科（企业科）：负责经济运行调控、中小企业指导、市场协调、资源调度、生产服务、应急管理、企业改革指导、大企业大集团发展等工作。
4. 产业投资科：负责技术改造投资管理、外资工作指导、项目申报审批、专项资金安排及购置设备税收政策实施。
5. 中小企业科：研究中小企业政策、管理体系建设、服务提供、问题协调、信息统计、项目监督、农村企业指导等。
6. 对外经济合作科：负责对外合作交流、进出口指导、企业国际化经营、园区管理等工作。
7. 科学技术科：推动技术创新、产业发展、企业信息化、产学研结合、产品质量提升等工作。
8. 节能与综合利用科：负责节能减排、资源节约利用、循环经济推广、节能工程实施和环保产业发展等工作。
9. 信息化科：制定信息化发展战略、行业管理、技术支持、信息安全、电子商务推动、无线电管理等。
此外，委员会还设有纪检（监察）机构，负责内部监督和纪律检查。