宁波市镇海区地方税务局的机构设置包括五个主要内设部门：办公室、人事监察科、税政法规科、征收管理科和计划会计科。这些部门具体职能如下：
1. 办公室：负责全局性工作总结、计划的起草，以及重要文字材料的撰写。它还负责文书管理和办公自动化，包括文件起草、收发、催办、归档等。此外，办公室还负责接待来访、车辆管理、后勤保障、安全保卫和日常卫生等工作。
2. 人事监察科：主要负责职工的日常管理、专业技术职务职称和劳动工资管理。它负责干部考核、奖惩、调配，以及离退休干部的服务管理工作。此外，该部门还负责精神文明建设和思想政治工作，以及干部教育培训和党风廉政建设工作。
3. 税政法规科：负责税收政策和基金费法规的执行，并进行相关调研。它负责税政业务的传达、宣传、辅导和解释，以及税收执法的监督。此外，税政法规科还参与制定管理措施，处理涉税法律事务等。
4. 计划会计科：负责收入预测和计划编制，税收会计核算，退税、缓缴管理，以及重点税源企业的监控。它还负责税收票证和计会档案的管理，以及支付代征代扣手续费的审核。
5. 征收管理科（办税服务厅）：负责税务登记、纳税申报和税款征收，同时处理涉税文书和发票管理。该部门还负责征管质量考核和多元化申报，以及与稽查局的协作，组织税收宣传活动和纳税咨询服务。
最后，稽查局负责执行税收稽查政策，建立和完善工作制度，管理并指导地税检查工作，接收偷税案件举报，并组织税收专项整顿。