明孝陵作为中国明皇陵之首，代表了明初建筑和石刻艺术的最高成就，直接影响明清两代五百余年20多座帝王陵寝的形制，依历史进程分布于北京、湖北、辽宁、河北等地的明清皇家陵寝，均按南京明孝陵的规制和模式营建，在中国帝陵发展史上有着特殊的地位，故而有“明清皇家第一陵”的美誉。
清朝，1644年，李自成攻进北京城，崇祯帝以身殉国，明遂亡，满清以报君父之仇而入关窃取天下以后，大肆屠杀明皇族，剃发易服，留发不留头，嘉定三屠扬州十日江阴八十一日等等，屠城不计其数，为安抚人心，清庭下旨保护明孝陵及其明十三陵，至康熙时，又起文字狱打击文人对故明的怀念，刚刚平三藩、海外明郑不久，外部沙俄，葛尔丹虎视眈眈。
国内满汉之分严重，民族矛盾空前高涨，明孝陵成为明遗民寄托旧有政治认同和前朝记忆的符号，从而被赋予了与清王朝的统治秩序隐然对抗的意义，当时环境下，明孝陵在汉人心中如黄帝陵在华夏人心中的神圣地位一般，已然成为汉族心中的精神寄托与祖陵，为缓解民族矛盾，康熙南下江南时至明孝陵行大礼祭祀明太祖，并留下“治隆唐宋”的官方评价石碑，比之前更加注重保护明孝陵，乾隆下江南时为了安抚汉人，也是如此，在当时大背景下，有清一代，明孝陵保护的很好。
十三陵的管理制度放宽了,但陵区内的陵坟建筑及近陵树木仍在保护之列。当时不仅有陵户、守陵太监、明裔一等侯具体负责保护。顺治、康熙、雍正、乾隆等朝,皇帝还亲降谕旨责令地方官员勤加稽查,申伤守陵人员敬谨防护。顺治十六年(1659年)十一月十七日颁发的保护明十三陵的谕旨又由朝廷镑刻在长陵宫内的龙跃碑上。
明孝陵位置所在的独龙阜，是一座坚固的石头山。大部分皇陵的建造都是由上往下开一个深穴，建好后再用封土封起来。但明孝陵却是从山体横向凿入，掏空内部，建玄宫。这种横穴的建造方法，虽然工程浩大，但建造后也十分坚固。在古代没有炸药的情况下，是很难从顶部打洞进入陵墓。
清朝对各方陵墓提倡保护，反对破坏，解放后，政府也加强了对陵墓的保护和修建，使的明孝陵保存完好，使中华文明和智慧永放光彩。