安徽医科大学在科研领域取得了显著成果，拥有多元化的研究机构，包括临床药理、生物医学、老年病、神经外科、心血管病、肿瘤防治、皮肤病、基础医学等46个省、校级研究所，以及安徽省医学实验动物中心。学校积极参与国家级科研项目，如“863”、“973”计划、国家科技支撑计划和国家自然科学基金等，已承担192项重要项目，获得了3338万元的纵向科研经费。这些研究硕果累累，85项成果获奖，出版了166部著作，发表了超过4700篇科技论文，其中763篇被SCI收录，国家自然科学基金的立项数量保持了安徽省高校的领先地位，曾荣获多项国家级科技进步奖和医学科技奖项。
在学术影响力方面，2009年，学校论文发表成绩斐然，排名全国高校第44位，医药类高校第12位，国内论文引用排名全国高校第66位。张学军教授的研究团队在《新英格兰医学杂志》和《自然遗传学》等国际知名期刊上发表了多篇高水平研究论文，尤其在复杂疾病易感基因研究上处于国内前列。他们的成果，如关于银屑病、白癜风和麻风病易感基因的研究，被评为2010年中国科学十大进展之一。
在皮肤病学领域，实验室利用全基因组外显子分析方法，揭示了汗孔角化症、掌跖角化症和遗传性少毛症的致病基因，其中MVK基因对DSAP发病机制的发现尤其重要。这项成果发表在《Nature Genetics》上，为DSAP的基因诊断和药物研发提供了新的科学依据。此外，实验室还发现了COL14A1和EPS8L3基因在点状掌跖角化症和Marie Unna遗传性少毛症中的致病作用，进一步明确了疾病机制。这些研究成果发表在《Journal of Medical Genetics》上。
安徽医科大学不仅在科研上不断突破，还出版了15种国家级期刊，如《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》等，为生物医学研究提供了丰富的资源。学校图书馆藏书丰富，是全国生物医学文献资源共享网络的重要节点。
安徽医科大学前身是创办于1926年5月的上海东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省，成为安徽省第一所高等医科院校。1952 年改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校位于安徽省会合肥市，分为3个校区，占地72万余平方米，建筑总面积70余万平方米。