南通市红十字会作为市政府的直属机构，隶属于群团机关序列，实行参照公务员管理，设有正处级建制。其机关党务工作由市级机关工委负责，干部管理按照市委组织部规定进行，经费独立划拨。机构内设事业发展部和赈济救护部，前者有5名行政编制，后者有3名全额拨款事业编制的南通市造血干细胞捐献服务中心。
事业发展部主要负责研究与红十字事业相关的政策，宣传《中华人民共和国红十字会法》、标志使用办法、红十字运动知识和重大活动。他们还负责国际人道法的传播，项目宣传、筹资工作，组织建设和干部培训，开展青少年活动，发展志愿者队伍，以及机关内部的文秘、档案、网络建设和后勤事务。同时，他们负责内刊信息的编发和网站维护。
赈济救护部的主要职责是救灾准备，接收和管理救灾款物，根据灾情提出援助和救灾计划。他们培训救灾队伍，指导基层红十字会备灾救灾，进行初级救护训练，组织现场救护，监督和管理公路沿线的红十字救护点和医疗队，普及防病和灾难应急知识，参与无偿献血宣传，推动造血干细胞和遗体、器官捐献，并管理冠名红十字医疗卫生单位。此外，他们还负责社会福利事业单位和经济实体的管理工作，以及社区红十字服务工作。
1957年10月成立，文革期间于1967年被迫停止工作，1982年9月8日恢复，归市卫生局联系。2007年3月改为现行管理体制。南通市红十字会为市政府领导联系的独立机构，列群团机关序列，参照公务员管理，正处级建制。