国家公派出国留学研究生的选拔与派出过程遵循严格的管理制度。选拔方式采取“个人申请，单位推荐，专家评审，择优录取”的流程，具体操作细节由相关办法规定。选拔工作结束后，留学基金委会立即通知推荐单位、留学服务机构及相应使领馆。
公派研究生在出国前需与留学基金委签订《资助出国留学协议书》，并缴纳保证金，协议需经公证生效。一份公证后的协议需存档于推荐单位。除在职人员外，公派研究生通常需要在出国前与推荐单位签订就业意向协议。
在校学生需在规定留学期限内办理学籍和离校手续，推选单位保管其档案和户籍。若超过期限未归，档案和户籍处理将根据相关规定执行。应届毕业生同样在留学期限内保管档案和户籍，若超期未归，可将档案户籍迁回原籍。
推选单位需设立专门机构和人员负责公派研究生的全面管理工作，包括思想教育、培训指导，以及出国手续的办理和指导。指定的指导教师或联系人需持续关注学生的学习进展，及时解决遇到的问题。
留学服务机构根据留学基金委的录取文件和公派研究生的资格证书，审核《协议书》和保证金证明，办理相关手续，包括开具《国家公派留学人员报到证明》。完成手续后，服务机构还需及时更新出国信息和材料，确保国内外管理的顺利进行。
为实施国家科教兴国和人才强国战略，加快高层次人才培养，规范国家公派出国留学研究生的派出管理工作，提高国家公派出国留学效益，国家教育部、财政部印发了《国家公派出国留学研究生管理规定（试行）》，分为总则、选拔与派出、国外管理与联系、回国与服务、违约追偿、评估、附则等共7章44条。该规定的公布实施，对加快我国高层次人才培养，进一步规范国家公派出国留学研究生派出和管理工作，提高国家公派出国留学效益，具有重要作用。