(1):蛋白质样品预处理 用于序列测定的样品必须纯化并测定
相对分子质量，再加入含巯基乙醇的高浓度
尿素溶液，使蛋白质分子中的二硫键和非共价键断开
(2):测定
氨基酸的组成 通常将蛋白质样品用6摩尔每升盐酸在110
摄氏度水解24小时，再用氨基酸自动分析仪测定。
(3):肽链末端氨基酸的测定
(4):专一性部分裂解 将长的肽链专一性裂解成若干小的肽片段，每种样品至少用两种方法裂解
(5):肽片段的分离纯化 用电泳或高效液相层析将部分裂解的样品分离纯化，得到两套或几套肽片段
(6):各个肽段的氨基酸序列测定 目前主要用Edman 降解法或序列仪进行测定
(7):确定整个肽链的氨基酸序列