很多公司并购之所以没有成功，往往是因为只在形式上完成合并，没有根据实际情况进行相应的人力、组织结构等的调整，导致人员流失、绩效下降，初定目标难以达成。
在并购后的初期，先融后整
两大巨头惠普、康柏的合并令世人关注。从惠普公布的业绩来看，2004年第二财季营业额突破历史纪录，达到20l亿美元，这充分显示了惠普公司的整合有效。
探求惠普成功的经验，其中一点特别值得借鉴：整合初期，惠普公司就定下了先整合，再优化的原则。两家公司并没有因为并购就全部统一起来，而是采取先合起做事，其他的工作下一步再进行的方法，把双方都有的相同业务部门合并在一起，基本上里面的每个员工都还做原来的事情，不会影响到对客户的服务和企业的正常运作，至于一方独有的业务，像惠普的打印机、专业服务和咨询，则继续保留，此举取得明显的效果。
在企业并购中，采取先融合后整合的思路，能够给两个企业以磨合的时间，保留部分原有机构可以让员工逐渐适应并购带来的变化，减少了人员流失，从而防止了绩效下降。
突出主要业务，调整部门设置
企业并购后要求根据发展战略撤销、合并或分解原有的机构，重新设置部门。三九药业集团就是一个典型案例。在它的组织结构重建中，思路是主辅分离——也就是医药产业与非医药产业相分离，并设立了相应的管理机构。一方面使集团的组织结构更加科学合理；另一方面，更有利于它集中精力发展医药主业。这样的整合思路，能够继续强化主要业务，保持企业的核心竞争力。
在世界众多企业发展中，过早的进行多元化经营、淡化了主营业务的企业大多只能是昙花一现。因此，在企业并购之后，如何保持自己原有主营业务的持续发展，是组织结构整合的重要考虑因素。
根据企业发展战略设计组织模式
进行组织结构调整，实质目的是为战略实施服务的，不同的战略需要不同的组织结构与之相适应。如通用电气公司，从简单的事业部制到战略经营单位结构的转变，就是与企业的发展战略紧密联系在一起的，后者适应了从事大规模经营的战略，从而使行政管理滞后的问题得到了解决，妥善地控制了多种经营，利润也相应地得到了提高。
海尔集团在其兼并过程中不断调整原有事业部以下的组织机构，改进后的海尔集团组织特点是分层利润中心制，实质上就是超事业部制的变形。在该结构中，集团是投资决策中心，各事业部是利润中心，事业部下属的分部、司、工厂是成本中心。实践证明，该组织结构对海尔集团实现低成本扩张战略起到了重要作用。
管理者在进行具体整合时，首先应根据并购企业的经营战略，考虑并购双方的行业特点、产品种类、企业规模、技术复杂程度、专业化水平、双方企业的地理分布以及双方的管理人员的素质等因素，设计一个合理的组织形式，不必完全拘泥于原有的组织结构。
那么，在组织整合的过程中，要注意以下几个问题：
1、相关消息尽早公开
有关组织结构、关键职位、报告关系、下岗、重组及影响职业的其他方面的决定应该在并购交易签署后尽快制定、宣布并执行——如果可能的话，在几天内完成。不要让焦虑和怀疑分散员工的注意力，从而影响企业绩效。
2、重视整合中的沟通
组织结构的整合是一种变革，必然会对员工固有的思维方式和工作习惯带来震荡和冲击，由此会引发员工对并购后整合的不适应。为解决这个问题，必须加强上司与下属间的思想交流、沟通。及时、定期充分同被收购公司人员，包括管理班子，中层或下属公司管理人员及一般人员的沟通，可以掌握被收购公司的动态，稳定现有业务，保证企业平稳过度，并从中发现未来可用之人。
3、组织结构整合以灵活精简为好
为了使企业能够适应瞬息万变的市场需要，组织结构整合要保证灵活管理的要求：一方面保持为完成固有战略任务而建立的组织机构；另一方面要建立为实现新战略任务而必需的组织结构。但灵活并不是要企业无休止地进行组织结构调整，同时，要注意调整后的组织结构不要扩大化，这样企业才能充满活力，才能适应环境变化。况且，组织结构小型化这是世界各国调整企业组织结构的普遍做法，比如日本跨国大公司的组织机构一般都比较稍简，成为世界各国大企业集团学习的榜样。总之，重视组织结构的整合，能够提升企业并购的成功率，对于企业管理者来说应该是有益的借鉴。
