继续推进“九五”期间确定的环境保护重点区域，三河（淮河、海河、辽河）、三湖（太湖、巢湖、滇池）、两区（酸雨控制区和二氧化硫控制区）、一市（北京市）、一海（渤海）的污染防治工作，“十五”期间务必抓出成效。抓紧治理三峡库区和南水北调工程沿线的水污染，启动长江上游、黄河中游和松花江流域水污染综合治理。
淮河流域2005年化学需氧量入河量控制在46.6万吨/年、排放量控制在64.3万吨/年，氨氮入河量控制在9.2万吨/年、排放量控制在11.3万吨/年，在淮河干流和主要支流不断流的情况下，淮河干流水质进一步好转。
海河流域2005年化学需氧量入河量控制在77.6万吨/年、排放量控制在106.5万吨/年, 氨氮入河量控制在14.9万吨/年、排放量控制在20.5万吨/年，海河干流及主要支流水质有明显改善，饮用水源地控制断面水质达到饮用水标准。
辽河流域2005年化学需氧量入河量控制在29.32万吨/年、排放量控制在32.58万吨/年，氨氮入河量控制在4.69万吨/年、排放量控制在5.2万吨/年,集中式地表饮用水源地水质达标，全流域水体水质进一步改善。
太湖流域2005年化学需氧量排放量控制在37.8万吨/年、氨氮排放量控制在9.9万吨/年、总磷排放量控制在1.24万吨/年，2005年13条主要入湖河流化学需氧量入湖量控制在7.08万吨/年、氨氮入湖量控制在1.5万吨/年、总磷入湖量控制在659.6吨/年。太湖水质有所改善，梅梁湖、五里湖水质有明显改善；主要出、入湖河流断面水质高锰酸钾指数达Ⅲ类标准，总磷与氨氮分别提高一类达Ⅳ类或Ⅴ类标准。
滇池流域2005年化学需氧量入湖量控制在35170吨/年，总氮入湖量控制在8750吨/年，总磷入湖量控制在1060吨/年；草海高锰酸盐指数小于15毫克/升，总氮与总磷平均浓度比2000年下降10%，基本消除黑臭；外海高锰酸盐指数小于8毫克/升，总氮与总磷平均浓度比2000年下降10%。
巢湖流域2005年化学需氧量入湖量控制在47110吨/年、排放量控制在59148吨/年，总氮入湖量控制在9081吨/年、排放量控制在11351吨/年，总磷入湖量控制在804吨/年、排放量控制在1072吨/年，主要出、入湖河流水质接近或达到国家地表水环境质量标准Ⅲ类，湖区高锰酸盐指数达到Ⅲ类，总氮与总磷平均浓度比1999年下降10%。
“两控区” 2005年二氧化硫排放量控制在1053万吨以内，酸雨污染有所减轻，80%以上城市的二氧化硫浓度达到国家空气环境质量二级标准。
北京市2005年水体、大气及声环境按功能区划达到国家环境质量标准，城市和郊区生态环境有较明显改善；建设包括河北、内蒙古、山西和天津有关地区在内的首都生态圈，初步形成环首都的生态屏障。
渤海2005年化学需氧量入海量控制在102.6万吨/年,总氮和总磷的入海量分别控制在13万吨/年和1万吨/年。近岸海域水质按环境功能区基本达标。
三峡库区2005年基本遏制住人为因素造成新的水土流失，化学需氧量入库量控制在11万吨/年，总氮和总磷入库量得到控制，主要水质指标达到或好于国家地表水环境质量标准Ⅲ类。
南水北调（东线）2005年化学需氧量入河量控制在10 万吨/年、排放量控制在54.7万吨/年, 氨氮入河量控制在0.9万吨/年、排放量控制在7.0万吨/年，输水干线39个控制断面水质达Ⅲ类标准，6个控制断面水质达Ⅳ类标准。
制定和实施长江、黄河和松花江流域水污染防治规划，综合治理水土流失和水污染，合理调配水资源，力争2005年长江上游、黄河中游和松花江流域的水质得到改善。
各省、自治区、直辖市也要确定重点，抓出成效。
