中国医学科学院药用植物研究所取得了一系列显著的科研成果和荣誉。自2001年以来，该研究所承担了众多国内外重大项目，其中包括：
- 在2009年，研究所参与了国家自然科学基金的重点项目，研究药用真菌猪苓的可持续利用基础。
- 2008年，他们负责了国家财政部的专项，致力于建设国家天然产物标准品库。
- 2008年，研究所还参与了国家海洋“863”专项，探索中国南海红树林内生真菌资源的利用技术。
- 从2006年起，研究所连续承担了国家科技支撑计划的重点项目，涉及道地药材生态适宜性分析、生物技术选育优良品种以及病虫害防治技术等多个领域。
- 2005年，他们与美国NIH合作，开展中国草药疗法对哮喘的研究，以及西部濒危生物资源川贝母野生抚育产业化项目。
- 该研究所还积极进行国际合作，与英国、美国、韩国等国家的科研机构进行了博士后合作研究，并有众多人员参与国际学术交流和会议。
研究所作为世界卫生组织传统医学研究合作中心，频繁接待国际交流团，接待了来自世界各地的1000多名学者进行参观和学术交流。此外，他们与50多个国家建立了合作关系，共同推动药用植物领域的前沿研究。这些成就充分展现了药用植物研究所的科研实力和国际影响力。
中国医学科学院药用植物研究所成立于1983年8月。总所设在北京，位于中关村科技园区，下设云南、海南、广西、新疆分所，共占地5000余亩，是世界上五大药用植物专业研究机构之一，也是国内顶尖的从事中药研究专业机构。研究所现有职工680人，其中中国工程院院士1人，正副研究员150人，国家级、部委级“有突出贡献”专家5人。硕士和博士研究生导师50余人，在读硕士和博士研究生120余人。