（一）办公室
负责综合、分析全市纪检监察工作情况；负责内外联系与综合协调工作；负责机关文秘、档案、办公自动化等工作；负责综合性会议的组织工作；负责机关行政事务工作；负责机关财务工作。
（二）监察综合室
负责收集、综合、研究行政监察工作情况；协助局领导班子处理日常行政监察事务和有关事项；负责以监察局的名义向监察厅和市政府请示、汇报工作；负责与市直各部门及市辖县（市、区）政府的联系；负责市监察学会的日常工作；负责有关源头治理腐败工作。
（三）调研室
负责纪检监察工作的理论研究及有关政策问题的调查研究，起草重要文件、报告；负责拟定全市纪检监察地方性法规和政策规定，参与有关部门制定党内、行政法规。
（四）宣传教育室
负责宣传纪检监察工作的方针、政策，主管新闻报道和新闻发布工作；配合有关部门重点抓好党风党纪、政风政纪教育；负责纪检监察系统干部的业务培训。
（五）党风廉政建设室（九江市党风廉政建设领导小组办公室）
负责监督检查、综合分析全市党风廉政建设情况；组织实施全市关于党风廉政建设的工作部署，指导和督促下级纪检监察机关党风廉政室的业务工作；具体组织全市性或重要的党风廉政建设检查活动和廉政建设专项治理活动；负责管理领导干部廉洁自律和履行党风廉政督查工作管理职能。
（六）纠正部门和行业不正之风室（九江市人民政府纠正部门和行业不正之风办公室）
负责组织、督促、检查、指导对普遍性、倾向性不正之风的纠正工作；调查研究、综合分析部门和行业不正之风情况，提出纠正措施；承办不正之风典型案件的查处等工作。
（七）执法监察室
指导全市纪检监察系统开展执法监察，监督检查贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况；负责以市监察局名义开展执法监察工作，并将执法监察中发现的违法违纪案件线索转交有关部门处理。
（八）纪检监察一室
一室负责联系县（市、区）的纪检监察工作。负责承办所联系的地区市管干部违法违纪案件和其他重要、复杂案件的检查、核实工作，提出处理意见，并做好有关案件查处的协调工作；监督、检查所联系的地区及领导干部遵守党章、贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令和党风廉政建设的情况；综合、协调、指导所联系的地区的纪检监察工作。
（九）纪检监察二室
二室负责联系市直各行政部门和事业、企业单位的纪检监察工作。负责承办所联系的部门和事业、企业单位市管干部违法违纪案件和其他重要、复杂案件的检查、核实工作，提出处理意见，并做好有关案件查处的协调工作；监督、检查所联系的部门和事业、企业单位及领导干部遵守党章、贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令和党风廉政建设的情况；综合、协调、指导所联系的部门和事业、企业单位的纪检监察工作。
（十）纪检监察三室
三室负责负责案件管理工作，掌握全市案件检查工作情况；负责案件检查工作的综合、协调、指导，总结、推广案件检查工作经验；与司法机关、执法执纪部门联系，收集、排查案件线索，拓宽案源渠道；负责垂直管理机关、企事业单位案件协查与指导；督查上级和本级交办的案件。
（十一）案件审理室
负责审理市委、市政府、市纪委、市监察局立案查办的案件，审核市辖县（市、区）、市直处级机关报批或备案的案件；受理党员、监察对象不服党纪、政纪处分的申诉；承担市监察局在行政诉讼中应诉的业务事宜。
（十二）信访室（举报中心）
负责办理群众来信、来访；受理涉及党风党纪和政风政纪问题的举报、控告、申诉，并核查部分信访举报案件；负责移送或交办检举、控告、申诉及其他重要的举报信件，并对承办情况进行督促检查；调查了解群众信访反映的突出问题，综合反映带普遍性和倾向性的信访信息；围绕市委、市政府的重大决策和针对群众反映突出的问题，组织专项举报，开展对专项重要举报的调查。
（十三）干部室
负责机关及下属单位的人事管理、劳动工资、机构编制等工作；负责管理派驻机构的人员编制；承办市直单位纪检监察机构领导干部和县（市、区）纪检监察机关领导班子配备任免的具体工作；承办选拔任用领导干部征求市纪委意见的工作；研究并提出加强全市纪检监察机关组织建设的意见。
（十四）机关党委
负责市纪委机关和下属单位的党群工作；负责机关政治理论和业务学习；负责机关党员干部职工思想政治工作；领导机关工会工作；负责机关和下属单位离退休干部的管理和服务工作。
（十五）机关后勤服务中心
承担市纪委监察局机关后勤服务工作。
（十六）九江市经济环境投诉中心（俗称“经济110”，简称投诉中心）
投诉中心为市政府的常设机构（正处级），挂靠在市纪委监察局，与市政府纠风办、市纪委纠风室合署办公。主要职责：受理和办理（自办、转办、督办）有关经济环境方面的举报和投诉；做好举报和投诉件的转办、督办、落实工作；查处“三乱”行为和其它破坏经济发展环境的违纪违规行为；完成领导交办的事项。
