根据上述职责，四川省中医药管理局设5个内设机构：
（一）办公室（政策法规与监督处）。
负责机关文电、会务、机要、档案、绩效管理、政务督导、政务公开、新闻宣传、来信来访、信息传递、安全保密、财务、后勤等工作；起草中医药地方性法规、规章草案，组织拟订有关标准；负责有关行政审批事项，承办有关行政复议、行政应诉及机关有关规范性文件的审核工作；承办中医医疗机构、执业人员、医疗服务及中医药广告的监管工作；规范中医医疗秩序，督办重大中医医疗违法案件；承担中医药文化建设、中医药防病治病知识普及宣传工作；承办四川省中医药工作厅际协调小组办公室的具体工作。
（二）规划财务处。
拟订全省中医药事业中长期发展和资源配置规划；负责中央和省财政下达的全省中医药专项资金、基建投资、项目经费的管理和局机关及直属单位的经费预算、决算管理；负责全省中医药信息统计工作；组织实施直属单位政府集中招标采购管理工作；承办直属单位财务审计、国有资产监管和权限内基本建设项目的审核或审批等工作；统筹中医药扶持和贷款资金的合理利用；参与拟订中医药医疗服务项目、价格标准、基本医疗保险等相关政策及管理办法。
（三）医政处（民族医药与基层中医处）。
拟订全省中医药防治重大疾病规划并组织实施；拟订中医、中西医结合、民族医医疗和保健机构及其技术应用的管理规范和标准并监督实施；指导和组织实施农村卫生、社区卫生服务中的中医药工作；拟订中医医疗、预防、保健、康复、护理、临床用药等管理规范和技术标准并监督实施，指导中医医院和其他医疗机构的中医业务，监督实施中医医疗、保健等人员的执业资格、服务规范；参与拟订全省基本药物目录的有关工作；参与组织突发公共卫生事件的应急处理。
（四）科技处。
拟订全省中医药科学研究、技术开发规划并组织实施；指导中医药科研条件和科技能力建设；组织和管理中医药重点科研项目，促进中医药科技成果的转化、应用和推广；组织开展传统中医药、民族医药古籍和诊疗技术的发掘、整理、总结与提高以及中药资源的普查，促进中药资源的保护、开发和合理利用；提出保护中医非物质文化遗产的建议；参与拟订中药产业发展规划和产业政策。
（五）人事教育处（国际合作处）。
组织拟订全省中医药人才发展规划，参与拟订中医药专业技术人员资格标准并组织实施；按照管理权限负责局机关及直属单位的机构编制和人事工作；拟订全省中医药中等教育、职业教育、成人教育、师承教育、继续教育和相关人才培训的发展规划并组织实施；参与指导中医药教育教学改革；开展中医药界与国际和港澳台地区的交流合作；联系有关学术团体的工作。
机关党委负责机关和直属单位的党群和纪检监察工作。
