济南市交通运输局的主要职责包括:
1. 协调综合运输体系规划，与相关部门合作编制规划，并指导交通运输枢纽规划和管理。
2. 执行国家和省里的交通运输方针、政策以及相关法律、法规，起草地方性法规和规章，制定公路、水路、城市客运业的规划、计划及政策，并负责实施。参与现代物流业发展战略和规划，指导行业改革。
3. 负责道路和水路运输市场的监管，制定运营政策、准入制度和规范，并监督执行。协调紧急物资运输，管理城市地铁和轨道交通运营，监管机动车维修和驾驶培训机构。
4. 负责水上交通安全，管理船舶检验、登记及防止污染工作。
5. 市场监管公路和水路建设，制定相关政策和制度，监督工程质量、安全和招投标活动。
6. 负责国道、省道建设和养护，监督农村公路，以及公路通行费的征收工作。
7. 推广交通科技，组织行业研发，关注环保和节能减排，指导教育培训，发布行业统计信息。
8. 在市政府的委托下，负责城市客运特许经营的实施，参与制定价格和服务标准。
9. 促进国内外交通运输合作，管理涉外运输事务，引导行业投融资。
10. 管理公路和水路的安全生产，负责交通战备工作，处理交通稽查事宜。
11. 承办市委、市政府分配的其他重要任务。
根据省委办公厅、省政府办公厅《关于印发〈济南市人民政府机构改革方案〉的通知》（鲁厅字〔2009〕50号）和市委、市政府《关于济南市人民政府机构改革的实施意见》（济发〔2009〕17号），设立济南市交通运输局，为市政府工作部门。