科研开发部是本所从事食品科技开发、建立技术储备的主要研发部门，并兼营面向社会食品行业的技术服务。该部门以副食品研发为主要研究领域，涉及与新产品相关的生产线工艺设计、设备配套或研制、技术成果推广应用，配置有食品烹饪、食品工艺、食品包装、食品储存、食品理化、无菌化包装等实验室及相应实验设施；从2005年起，已建设猪血资源环保型生化开发、水分活度保存食品安全性评估、高危食品预警与加工控制等三个功能性实验室 。
该部门曾获得多项较为重大的科技成果奖，在“八五”“九五”期间均获得国家科技攻关优秀成果奖，近几年获得“全国商业科技进步奖” 8项，上海市科技进步奖2项，申请国家发明专利4项。科研开发部致力于食品安全领域的系列化研究，取得令人关注的进展，为上海地区食品安全工作发挥了积极作用。
科研开发部在进行食品科技研究的同时，积极开展面向食品行业中小企业的技术服务，累计完成400余项服务项目。目前正在搭建“上海食品行业中小企业服务平台”，服务范围包括新产品开发、产品改进、工艺设计、设备造型定制、生产现场指导、质量卫生方面指导与培训、协助制定技术规范与产品标准、建立生产质控体系等方面。服务平台建成后，每年可为50家中小企业提供各类有效的技术服务。
科研开发部还积极投入国家中西部大开发，相继承担市科委西部开发项目和市农委招标项目3项，并为30多个社会企业提供各种技术服务，是对社会的一个很好补缺，有力推进了上海食品行业整体技术水平的提升。 检测中心是一个获得中国合格评定国家认可委员会（CNAL）认可的检验机构，先后通过国家质量技术监督局、上海市质量技术监督局的计量认证考核与历次复查，经上海市质量技术监督局授权为上海市副食品质量监督检验站，是可出具社会第三方公正报告的中介机构。该中心现有实验室14间，建筑面积1000 M2，，配置仪器30多台（套），如气相-质谱联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、荧光分光光度计、紫外-可见光光度计等。经政府主管部门的授权，可对肉、禽、蔬菜、豆制品、水产、粮油、冷饮、饮料、酱腌菜等26类产品进行质量监督检验，包括微生物检验、常规理化检查、农残残留检测等200多个检验项目，年检验样品能力约上万件，多次被评为中国商业联合会检测系统先进集体 。
检测中心多次完成本市食品质量监督监控、国家中央储备肉公检、企业委托的产品质量检验、本市绿色食品有关认定检测等任务。同时，检测中心还接受企业委托，承担对其产品安全与质量的长期监控，如肯德基170多家门店，家乐福、麦德龙、农工商、迪亚等大型连锁超市、上海高校后勤服务中心等。 华灵科技发展有限公司是研究所对外经营的窗口，以产品营销为主、兼技术营销，营销产品既有自主研发的高温高压多段灭菌装置、自动灭菌洗手装置、食品周转箱清洗装置、冷冻食品品质改良剂、糕团品质改良剂等产品，又有贴牌产品如软包装笋、食品脱氧保鲜剂、饮用水等，还代理销售国内外食品企业的食品原辅料、添加剂、设备等，直接为中小食品企业提供快捷有效的服务 。
