市交通局内设16个职能科室：办公室、执法督察科、综合规划科、财务科、建设管理科、行政审批科、科技教育科（挂宣传部牌子）、交通战备科（挂牡丹江市交通战备办公室牌子）、安全稳定监督科（应急办公室）、信息科、建设资金监督科、人事劳动科（挂组织部牌子）、监察室（纪检委）、工会、机关党委、团委。
（一）办公室
负责文电、会务、机要、政务信息、档案等机关日常运转工作；承担综合性报告、文件起草和政务公开、保密等工作；负责机关后勤保障、资产管理、联络接待、综合协调、督察督办等工作。
（二）执法督察科
负责研究全市交通发展战略和产业政策；负责地方交通规范性文件调研、论证、起草和协调工作；负责交通法律法规的咨询工作；负责交通行政执法监督检查及交通行政复议和诉讼；指导交通行业法制工作；负责治理公路“三乱”工作；负责交通行政审批事项的监督管理工作。
（三）综合规划科
负责编制全市综合运输体系规划；编制全市交通运输行业发展规划，参与拟定物流业发展规划；负责省厅交通行业限额以下项目初审及计划编制的审定；负责全市交通工程可行性研究报告审查及上报工作；承担有关规划和交通建设项目的前期立项审核申报工作；负责全市公路、水路交通、港口码头的综合统计和信息工作。
（四）财务科
贯彻执行交通行业财务会计规章制度；指导局直属单位财务工作，对全市交通运输系统财务工作进行检查监督；指导全市交通规费的征收管理工作；负责局直属单位国有资产保值增值的监督及专控商品审核工作；负责全市省下拨资金管理使用；负责局专项资金的管理及利用外资、融资等有关的财务工作。
（五）建设管理科
指导交通基础设施建设和维护；负责全市交通工程初步设计编制、审查及上报工作；指导工程招标、施工许可、质量监督、工程造价和项目竣工验收工作；负责公路、水路建设市场的管理工作；负责全市交通基本建设项目资金的引资、融资工作；承担工程技术咨询、交流、引进推广工作；负责交通工程的招商引资。
（六）行政审批科
负责公路建设项目概、预算（本市投资），公路建设项目施工许可（县、乡公路），占用、挖掘公路（县、乡公路），超限运输车辆行驶公路（县、乡）公路，铁轮车、履带车等行驶公路（县、乡公路），采伐更新公路行道树（县、乡公路），道路运输及道路运输服务事项，水路营运性运输行政许可及行政审批事项的受理、审批工作；负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘查、论证、检验、检测、认证、审核、上报等（含年审、年检、收费）相关工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作；负责行政审批事项行政应诉工作；负责制定和完善本部门和行政审批项目的工作制度、工作程序以及行政审批专用章的使用和管理等工作。
（七）科技教育科（挂宣传部牌子）
拟定公路、水路行政科技、教育相关政策、中长期发展规划和年度计划并监督实施；组织有关重大科技项目研究、推广应用；承担开展交通对外科技合作与交流；承担有关标准、质量和计量工作；承担涉及综合运输体系的标准协调工作。
（八）交通战备科（挂牡丹江市交通战备办公室牌子）
拟定全市国防、边防公路、水路的中、长期发展规划和年度计划；承担战备公路、水路建设和养护的组织实施；负责公路、水路交通战备物资的储备、调拨工作；指导、检查、监督国防交通工作，协调处理有关问题。
（九）安全稳定监督科（应急办公室）
负责贯彻落实安全生产方针、法律、法规；负责全局安全工作；负责全市公路保通、水路、道路运输业安全管理、指导、检查、监督工作；依法组织或参与有关事故调查、伤亡事故统计分析工作；负责对交通各类突发公共事件的指挥、组织、救援工作；负责交通各项应急预案的制定、演练、启动、指挥工作；负责全局信访工作。（十）信息科
负责贯彻执行国家、省、市有关部门关于信息化工作的政策和法规，落实安全保密和防病毒工作；负责全市交通系统信息化工作的管理及与有关部门的联络和协调工作；负责拟定全市交通信息化中远期发展规划及年度工作计划和规章制度；负责交通局局域网的建设、维护和管理工作；负责交通的信息公开事宜；维护和更新交通公开的政务信息；组织编制信息公开指南、信息公开目录和信息公开年度报告；对拟公开的信息进行保密审查；承担交通行业信息化建设和信息资源开发利用管理工作。
（十一）建设资金监督科
执行国家、省、市审计规章制度及交通基本建设资金监督管理等规章制度；负责全市交通专项资金审计和局直属单位行政负责人离任审计工作；指导交通系统的审计工作；负责全市交通系统财务收支、经济效益及局投资项目的审计监督工作。
（十二）人事劳动科（挂组织部牌子）
承担机关和直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资和局管干部管理工作；负责专业技术人员继续教育工作；负责全局离退休干部管理工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；承担有关智力引进和对外劳务工作；负责对交通行业职业资格和职业技能鉴定的资格申报、注册、登记管理工作；负责交通从业人员资格培训、继续教育、考试和核发资格证书等工作。
（十三）纪检监察
检查监督局属各级党的组织、职能部门和各级党员干部、监察对象，贯彻执行党的章程路线、方针、政策、决议和国家法律、法规、决定、命令的情况；受理对党员干部和监察对象违反国家法律、法规和党纪、政纪行为的检举控告，并作出相应的处理决定；受理党政纪律处分的申诉；加强党风廉政建设和党风党纪法律、法规教育。（十四）工会
组织和教育职工依照法律的规定行使民主权利，参与本单位的民主管理和民主监督，组织职工开展社会主义劳动竞赛；开展群众性合理化建设，技术革新和技术协作活动；对职工进行各种教育，提高职工素质，负责职工劳模、先进生产者（工作）者的培养推荐、评选及宣传教育等管理工作。
（十五）机关党委
负责召集支部委员会和支部党员大会，了解掌握党员思想、工作和学习情况，抓好支部学习，按时召开生活会，组织局机关“满意在基层，做人民好公仆”活动。
（十六）团委
指导全局共青团工作，组织团青开展各种学习；加强团的组织建设，发展团员，收缴团费，组织团青开展各种活动。
