1987年起先后担任华东化工学院化学工程系主任(1987.7-1990.3)、化学工程学科主任(1991.8-1992.7)、校教务长(1990.6-1991.7)。积极推进教学改革,为国家建设培养了大批化工人才,曾获上海市优秀教育成果一等奖。1995年10月,学校成立洁净煤技术研究所,任首任所长。1996年,年届花甲受命组建华东理工大学资源与环境工程学院,任首任院长,为促进学校环境和能源学科的发展奠定了基础。
从上世纪80年代末开始,于遵宏先生致力于气流床气化技术的开发研究,是我国气流床气化技术的开拓者。他提出了许多创新性的学术观点,推进了气流床气化技术在国内的发展,成功开发了具有自主知识产权的多喷嘴对置式气化技术,打破了国际上大型跨国公司对大型煤气化技术的垄断。2000年12月,建在山东的兖矿集团鲁南化肥厂的日处理煤22吨的“四喷嘴对置式水煤浆气化炉”中试装置通过验收,各项技术指标均优于美国的德士古水煤浆气化炉;2005年7月,中国第一台日处理煤1000吨新型气化炉在山东的兖矿国泰化工有限公司开车,成为我国煤气化技术进入国际行列的一个里程碑,实现了我国煤化工界几代人的梦想。为了这一梦想,从1983年接触煤气化技术算起,于遵宏先生用了20年时间,让中国的煤气化技术走向世界。2008年7月,华东理工大学洁净煤技术研究所同美国最大炼油企业——美国Valero能源公司进行石油焦化气技术专利实施许可,技术许可费过亿元,这是中国高校迄今获得的最高海外技术许可费用的项目,也是中国化工大型成套技术首次向美国等发达国家出口。