1952年，在文化部和中国科学院的积极支持下，北京大学历史系考古专业正式设立，苏秉琦先生任考古教研室主任，聘请郑振铎、裴文中、夏鼐、林耀华、郭宝钧诸先生为兼任教授。
1983年7月11日，北京大学校长办公会议决定，考古专业从历史系分出而独立建立考古系，任命宿白先生为第一任系主任，这是考古学系历史上的又一里程碑。
1988年，严文明任系主任，考古学被国家教委确定为全国高校重点学科。同年设立博物馆学专业，并开始招生。1992年，李伯谦任系主任，考古系与历史系共同建立的北京大学历史学博士后流动站开始工作。 1998年北京大学与国家文物局联合办学成立中国文物博物馆学院、北京大学考古文博院。李伯谦出任第一任院长。2000年，高崇文任第二任院长。
考古系现设考古学和博物馆学两个专业，本科生设立考古学、博物馆学、文物保护、古代建筑四个研究方向，有旧石器考古、新石器商周考古、汉唐考古、博物馆学四个教研室和陶瓷考古研究所、第四纪年代学测定实验室、技术室、文物保护实验室、图书资料室等教学科研机构，并在国内建有辽宁营口金牛山、内蒙古呼和浩特大窑、湖北天门石河镇、山西曲沃曲村、北京房山琉璃河和四川忠县甘井沟6处考古教学实习基地。
1983年，北京大学的考古教学和学术研究进入新的发展阶段，其标志就是北京大学考古学系正式成立。2000年，考古学系与国家文物局合作办学，改称“北京大学考古文博院（中国文物博物馆学院）”。2002年正式成立“北京大学考古文博学院”，高崇文任第一任院长。
考古文博学院现有教授19人（其中博士生导师16人），副教授12人，讲师9人。另有客座教授2名，兼职教授2名。
北大考古文博学院每年向海内外招收本科生30－40人，硕士研究生15－20人，博士研究生8-10人左右，外国留学生、进修生10人左右。另每年接收进修生、进修教师3－5人，访问学者3－5人，并不定期招收不同方向的大专班。现共有不同层次的学生200余人。
截至目前为止，考古学系已培养出各类毕业生约1500余人，接纳了前苏联、越、日、韩、美、英、德、法、意、挪威、瑞典、丹麦、比利时、加拿大、澳大利亚、新西兰、印度、墨西哥、斯里兰卡等25个国家和地区的留学生、进修生、本科生、研究生近200名，将中国考古学推向世界。
同时，我系曾先后邀请美、英、日、韩等国家和我国港台地区的学者前来讲学，教师外出参加学术会议、访问、讲学、合作研究50多人次，派出留学生、进修生8人。并开始同美、日等国学者合作进行田野考古发掘和研究。90年代以来，还召开了两次国际学术会议。通过这些交流，取长补短，大大提高了我系的教学与科研水平，促进了学科建设。
