朱元璋去世后埋在南京市紫金山南麓独龙阜玩珠峰下的明孝陵，和马皇后合葬于此。
洪武十四年（1381年），朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的营建工程，此年八月，马皇后去世，九月葬入此陵，定名为“孝陵”。孝陵之名，取意于谥中的孝字，有“以孝治天下”之意，一说是马皇后谥“孝慈”，故名。
朱元璋在位期间对各个方面都进行了改革，政治上废丞相制度，设承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司分掌权力，进一步的加强了中央集权， 严惩贪官和不法勋贵；军事上实施卫所制度，北伐残元；
经济上大搞移民屯田和军屯，兴修水利，解放奴婢，减免税负，派人到全国各地丈量土地，清查户口等；文化上紧抓教育，兴科举，建立国子监培养人才；对外加强海外交流，恢复中华宗主国地位。经过洪武朝时期的努力，社会生产逐渐恢复和发展了，史称洪武之治。
1398年，朱元璋病逝，享年71岁，庙号太祖，谥号开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝，葬明孝陵。
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