1、证书不同
硕博连读没有硕士学位，如果博士毕业不了，硕士学位也没有，当然你也可以申请硕士学位，但是博士学位不可以申请了；而硕士之后再读博，硕士证书还是在的。
2、时间不同
硕博普遍是2+3年的制度就是2年硕士+3年博士，每个学校有毕业要求，硕博的论文要求可以把硕士阶段的算到一起。而硕士之后再读博正常的现在一般是3年硕士然后考博读博是4年，一共是7年。
3、选拔不同
硕博连读是在研2时选拔优秀的硕士生攻读博士学位，在此期间不需要做硕士论文；而硕士之后再读博是从本科阶段进行选拔的。
硕博连读研究生在完成规定的课程学习后，一般在第四学期参加博士生资格考核，主要考核专业基础、科研能力和外语水平。资格考核合格者，从第三学年起，转为博士研究生，享受博士研究生的待遇；考核不合格者，按照硕士培养方案继续培养。
参考资料：