1、调用 Rsamtools 包内的函数 quickBamFlagSummary() 查看 BAM 文件中的序列是单端或双端比对。在利用 readGAlignments() 读取基因组比对前，需要用函数 ScanBamParam() 构建一些参数。
2、使用R软件Vegan包计算16s高通量测序数据的α生物多样性指数 这里介绍一下用R软件中vegan包计算生物多样性指数的方法：R软件安装请自行搜索。第一步：制作数据矩阵。第二步，读取数据到R中。
3、R代码是指使用R语言时书写的代码。R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。
4、高质量：由于Sanger测序技术可以生成相对较长的读段，因此可以获得高质量的测序结果，质量得以保障。高精度：Sanger测序技术的误差极小，同时也具有低重复率的优点，因此可以为生物学研究提供极为精确的数据支持。
5、衔接上一篇数据比对后的结果，使用R包DSS进行处理。我们先来复习一下上一节课得到的数据结果： *.bismark.cov.gz 文件 这里我们使用的R包为DSS，使用 Bioconductor 进行安装。
1、用Chromas可以打开测序的峰图，方法是先打开chromas，然后将测序结果中的abi后缀文件拖入，即可，一般前10-30序列和800bp以后序列均不太可信，这些位置上有套峰，也就是并非是一个碱基（一种颜色）对应一个峰。
2、PB 的虚拟机 PBVM60.DLL 的支持：用pb9的Migrate 来转换PS：也可能楼主写错了，可能是pdb吧pdb文件格式是PDA的电子文档的通用格式可以使用：首选当然是在pda上打开了。在电脑上使用Adobe Reader 或者用 福昕阅读器。
3、你看AB1文件应该用的是CHROMAS吧 在FILE菜单下面有个 print preview 可以得到你想要的峰图，可以用PDF打印机生成PDF文档哦 如果没有安装，chromas很好下载的，很小。
4、你可以发给我，我可以帮你修改；但是有一点你必须明白：.ab1文件是测序仪出的报告文件，里面的内容只有峰位置信息及样品信息还有一些仪器运行参数。序列信息是根据峰位置，通过软件做出的修正结果。峰图是因，序列是果。
5、python里有没有哪个功能是可以提取ab1文件处理文件里的信息，主要想实现去除ab1文件里质量差的序列两端的碱基，最后获得质量好一点的碱基序列。
6、如果你计算机好的话，倒是可以改~~~因为ab1文件其实是一个二进制的数据文件。
1、也就是说，你可以文件中读出的G改成C/T/A，但是你不可能把黑色的G峰改成别的颜色的峰。当然你也可以自己下载AB的Sequence Scanner软件，它也可以修改一下结果。
2、在FILE菜单下面有个 print preview 可以得到你想要的峰图 chromas很好下载的，很小。
3、AB1文件格式是科学仪器或生物工程测序分析软件生成的DNA原始数据文件格式，包括DNA的氨基序列信息，必须通过DNA可视程序才可以读取里面相应的数据，一般可以用Chromas或Bioedit打开。
4、方法1：使用默认的图片编辑软件打开图片文件。当你需要将一个图片文件转换成另一种格式时，最简单的解决方式是使用操作系统默认的图片编辑软件。在Windows系统中，使用画图程序。在Mac电脑上，使用预览程序。
你可以发给我，我可以帮你修改；但是有一点你必须明白：.ab1文件是测序仪出的报告文件，里面的内容只有峰位置信息及样品信息还有一些仪器运行参数。序列信息是根据峰位置，通过软件做出的修正结果。峰图是因，序列是果。
我用DNAMAN给你演示一下吧 首先依次点击file-open special-AB1/SCF trace 打开扩展名为.ab1的测序图谱，查看没有问题。
一般可以用Chromas或Bioedit打开。可打开AB1文件的软件： GSL Biotech SnapGene， Applied Biosystems Sequencing Analysis Software， BioEdit， Geospiza FinchTV， Technelysium Chromas Lite or ChromasPro， CubicDesign DNA Baser。
使用这个功能比较简单，首先是打开这个功能 将.ab1文件直接拖拽或通过摁钮选择并放入其中(这里用两个文件做示例)Emm...是的，我并没有将多序列比对应用进去...感觉似乎麻烦。
指代不同 16s rRNA：是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。16s rDNA：为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。
S rRNA 普遍存在于原核生物中。rRNA 参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。
srDNA测序包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。英文名称是16S ribosomal DNA identification，应用有细菌种属鉴定。
S中的S是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。rDNA 和rRNA中的小写字母r是ribosome(核糖体)的缩写。
就用16s序列比对来初步判断微生物的种类。细菌提取基因组DNA后用27F和1492R引物做PCR，产物送去测序即可，序列测回来上NCBI比对即可。一株菌PCR成本大概两块，测序大概25块，算上杂项，大概30块钱初步鉴定一株菌。
首先找到文件后缀名以“ab1”格式存在的文件。然后在chromas软件主页面点击上方菜单栏中的“file”“open”，或者直接使用快捷键“ctrl+O”；直接点击主页面功能区的open也可以。
AB1文件格式是科学仪器或生物工程测序分析软件生成的DNA原始数据文件格式，包括DNA的氨基序列信息，必须通过DNA可视程序才可以读取里面相应的数据，一般可以用Chromas或Bioedit打开。
一般可以用Chromas或Bioedit打开。可打开AB1文件的软件：GSLBiotechSnapGene，AppliedBiosystemsSequencingAnalysisSoftware，BioEdit，GeospizaFinchTV，TechnelysiumChromasLiteorChromasPro，CubicDesignDNABaser。