特殊病种包含多种疾病，主要包括以下几类：
1. 恶性肿瘤
包括各种癌症，如肺癌、肝癌、乳腺癌等。这些疾病因细胞的恶性增生，侵害机体正常组织和器官功能，对身体造成严重影响。
2. 重大器官移植及造血干细胞移植
这类疾病需要进行重大的器官移植手术，如心脏移植、肺移植等。同时，造血干细胞移植用于治疗如白血病、淋巴瘤等血液疾病。
3. 罕见病和重症
如渐冻人症（肌肉萎缩性侧索硬化症）、孤儿病（如庞贝氏症）等。这些疾病发病率极低，但一旦发病，病情严重，治疗难度大。
4. 长期慢性病及罕见慢性病
包括一些需要长期治疗的慢性病，如糖尿病、高血压等。还有一些较为罕见的慢性病，如克罗恩病、多发性硬化症等。这些疾病病程长，病情复杂，需要长期治疗和管理。
以上就是特殊病种包含的主要疾病类型。由于医学的不断发展，特殊病种的范畴也在不断变化，新的疾病可能会不断被纳入特殊病种的管理范畴。