请问怎样剔除测序结果中的引物序列，进行BLAST

如题所述

第1个回答 2011-04-04

因为Sanger测序的自动化应用限制，测序结果中是不可能出现引物序列的。只可能出现部分载体序列。但是如果使用的载体所推荐的测序引物，那测序结果中的载体序列一般不会太长，一般不影响BLAST结果。当然要是插入序列太短则可能在3‘端出现载体序列，与载体序列比对后直接手动删掉就好。楼上说的vecscreen也确实还好用。

第2个回答 2011-04-04

去除载体等冗余序列用NCBI的vecscreen功能：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html
blast分析:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以自己选择数据库进行比对。本回答被提问者和网友采纳

第3个回答 2011-04-04

测序结果里一般没有引物序列的

相似回答

如何运用BLAST进行序列比对,检验引物特异性答：如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性_医检验引物特异性序列比对,绝大多数战友都会想到 BLAST,但 BLAST 的使用

测序结果怎么分析答：1.寻找引物 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比对，去除引物序列，找到目的片段。在DNAMan上进行比对，看引物能不能比对上（一个不变，一个反向互补），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一个为分界线，去除前面的；下有一最后一个为分界线，去除后面的，...

如何在ncbi中blast引物的特异性答：在此网页下方处找到Primer-BLAST，点击进入。点击进入以下界面，在Primer Parameters里面输入自己已经设计好的引物序列。随后，在Primer Pair Specificity Checking Parameters里面的Databse中选择选项“Genome（chromosomes from all organisms）”。之后直接点击页眉左下角的“Get Primers”按钮进行引物特异性的验证...

大家正在搜

可以把扩增引物当测序引物吗测序怎么配引物测序通用引物的选择植物测序用什么引物引物序列可以直接用别人的吗引物序列不一样不知道序列怎么设计引物设计引物序列的依据设计引物序列的主要依据