北京市地质调查研究院成立于1999年，2000年正式运营，2003年与北京市地质调查所合并，合并后的研究院隶属于北京市地质矿产勘查开发局，是一家全额拨款事业单位。目前，研究院拥有170名职工，其中专业技术人员148人，包括46名高级职称和70名中级职称的专业团队。他们承担着基础性、公益性和战略性地质调查任务，具备区域地质调查甲级资质、固体矿产勘查甲级资质等，还包括液体矿产勘查、水工环地质调查等乙级资质，掌握地质测绘、岩矿测试等多元技术手段，设备丰富，达400余台套。
研究院设有8个业务科室和6个管理科室，已建立并通过ISO 9001:2008质量管理体系标准，实施持续改进。自2003年以来，质量管理体系运行良好，全员积极参与，重视安全，制定了37项规章制度，构建了全面的内部管理规范体系。研究院在科研方面成绩显著，承担了200多项科研项目，其中18项为国家级，荣获国家级和省部级成果奖100余项，如2008年的《北京市多参数立体地质调查》项目，达到了国内领先和部分国际领先的水平。
在精神文明建设方面，研究院坚持科研与精神文明两手并举，自2005年以来，荣获多项荣誉，如北京市市直机关工委“文明单位”称号，全总能源化学工会优秀外来务工先进单位等。院团委更是被评为奥运先锋--北京市共青团达标创优五四红旗团委，多名员工获得市级以上表彰，精神文明建设成果丰硕。
展望未来，北京市地质调查研究院将以城市地质工作为核心，围绕城市发展中资源与环境两大主题，秉持“勤奋求实、科技创新”的工作理念，不断加强自身建设，为政府部门提供全方位、多层次的技术支持，为首都城市建设做出积极贡献。