长阳土家族自治县交通运输局的主要职责主要包括以下几个方面：
首先，该局负责贯彻执行国家和上级关于交通运输的政策法规，制定地方性战略和产业政策，并指导行业体制改革和行政执法工作。
其次，组织制定全县公路和水路交通发展规划，监督实施相关政策和标准，参与物流业发展策略规划。
在行业管理上，该局协调铁路、邮政等领域的服务，负责综合运输体系的规划协调，并承担交通运输行业的统计工作。
市场监管方面，负责道路和水路运输的管理，制定准入制度和技术规范，确保运营合规，同时指导城乡客运设施的规划和管理工作，保障紧急运输需求。
在工程建设和养护监管上，组织交通重点工程实施，监督交通建设市场、质量和安全。
对于交通企业的管理，包括体制改革指导和国有资产保值增值监督，涵盖公路、客运站场、航道、港口等资产。
在港口、航道和水上安全方面，负责监督与管理，进行船舶检验，同时对公路路政行业进行指导。
该局还负责行业内部的思想政治工作、精神文明建设和职工队伍建设，组织职业教育、培训和技能鉴定，管理人事、劳动工资和机构编制。
推动交通运输行业的科技进步和环保，负责科技开发和节能减排工作，促进行业技术升级。
最后，制定固定资产投资计划和预算，筹集、使用交通系统建设项目资金，并进行监管。
除了上述职责，该局还需处理上级交办的其他事务。