马鞍山市工商行政管理局设置内设机构10个, 直属行政机构3个、派出机构5个。 1、办公室。
负责机关文电、档案、信息、统计、安全保密、信访等工作；承担政务公开、宣传和机关资产管理等工作。
2、政治处
承办机构编制、人事管理、队伍建设和教育培训等工作；按照干部管理权限，承担市辖县工商行政管理局领导班子及相当级别干部管理的有关工作；负责机关离退休人员的服务管理工作。
3、财务装备科。
负责系统的经费、财务、装备、基础建设和国有资产管理工作；编制财务预决算；监督检查财务、基本建设管理制度执行情况。
4、政策法规科。
组织开展工商行政执法监督和听证工作；承办行政复议、应诉和赔偿工作。承担行政执法行为监督、案件核审和法制宣传等工作。
5、消费者权益保护科（12315消费者申诉举报中心）。
负责消费者权益保护工作；承担流通领域商品质量监督管理工作；开展有关服务领域消费维权工作；查处假冒伪劣等违法行为；承担消费者咨询、申诉、举报受理与处理及网络体系建设工作。
6、食品流通监督管理科
组织实施流通环节食品安全监督检查、质量监测及相关市场准入制度；承担流通环节食品安全重大突发事件应对处理和食品安全案件组织查处工作。
7、合同监督管理科。
负责合同监督管理，查处合同欺诈等违法行为；承担动产抵押登记和拍卖行为的有关监督管理工作。
8、企业监督管理科（个体私营监督管理科）。
指导和监督内资企业、私营企业、个体工商户登记注册工作；承担企业、私营企业、个体工商户的信用分类管理工作；组织查处违反有关登记管理法律法规的案件；查处取缔无照经营工作；指导个体民营企业协会工作。
9、广告监督管理科。
组织实施广告业发展规划和政策措施；监督管理广告活动；监测各类媒介广告发布情况，查处虚假广告等违法行为；指导广告行业组织的工作。
10、商标监督管理科。
组织查处商标侵权行为，保护商标专用权；开展安徽省著名商标的审核申报和保护工作；依法保护驰名商标、地理标志商标、特殊标志和官方标志。
纪检、监察机构按有关规定设置。 1、马鞍山市工商行政管理局经济执法检查局（副处级建制）。
承担有关反不正当竞争执法工作；监督管理直销企业和直销员及其直销活动,协助开展反垄断执法工作，查处市场不正当竞争、商业贿赂、走私贩私、违法直销和传销及其他经济违法案件；承担打击传销联合行动具体协调工作；
内设综合科、监督管理科，案件审理科、经济检查执法一科、经济检查执法二科等5个副科级科（2个经济检查执法科分别加挂经济检查执法一、二队牌子）。
2、马鞍山市工商行政管理局企业注册局（外资企业注册局）。
承担外商投资企业、内资企业、私营企业登记注册和年检工作并监督检查其登记注册行为；承担全市企业登记管理信息库的管理、维护和企业登记注册信息的分析、公开工作。
内设综合股、内资企业股、外资股等3个股。
3、马鞍山市工商行政管理局市场规范管理局
承担规范维护各类市场经营秩序工作；承担监督管理网络商品交易及有关服务行为工作；承担管理经纪人及经纪活动工作；组织商品交易市场信用分类管理工作；组织市场专项治理工作；查处行业市场上的违法行为。
内设综合股、商品交易市场监管股、生产资料和生产要素市场监管股等3个股。 1、马鞍山市工商行政管理局经济技术开发区分局（副处级建制）。根据市工商行政管理局的授权，负责经济开发区内的市场监督管理和有关行政执法工作。
内设办公室、注册登记科、监督管理科等3 个副科级科室。
2、马鞍山市工商行政管理局慈湖经济开发区分局。
根据市工商行政管理局的授权，负责慈湖经济开发区内的市场监督管理和有关行政执法工作。
内设综合股、监督管理股等2个股。
3、马鞍山市工商行政管理局市辖区分局。
马鞍山市工商行政管理局设置花山区分局、雨山区分局、金家庄区分局。
根据市工商行政管理局的授权，负责本辖区内的市场监督管理和有关行政执法工作。
各区分局均内设办公室、人事监察股、注册登记股、监督管理股4个股室。
马鞍山市工商行政管理局市辖区分局设置14个工商行政管理所。
