安徽医科大学卫生管理学院专业设置丰富多样，主要包括卫生事业管理、医疗保险和卫生信息技术与管理三个本科专业方向。这些专业对学生的录取不分文理科，旨在提供全面的教育。学院的主要办学层次定位于本科和研究生教育，同时也积极推广成人继续教育，以满足不同层次的学习需求。
自1985年起，学院便在全国率先开设卫生事业管理专业，每年接纳约150名本科生。至今，已有1173名本科生顺利毕业，专科生240人，目前在校本科生大约有700人，他们的生源广泛，覆盖了安徽、江苏、福建、云南、山东、新疆、江西等多个省份。
在研究生教育方面，1983年学院开始招收社会医学与卫生事业管理专业的硕士研究生，1990年获得硕士授予权。迄今为止，已有85名研究生获得了硕士学位，其中包括通过同等学历申请硕士学位的32人。成人教育方面，学院提供学历和非学历教育，采用函授、委托培养及在职培训等多种形式，已培养出约3万名卫生管理专业人才。
学院非常重视实践教学，与国家卫生部、安徽省卫生厅、上海普陀区卫生局、杭州创业软件公司、铜陵市社保局、中国人寿及平安保险公司等多家机构合作，建立了多元化的专业教学实习基地，为学生提供了宝贵的实践经验机会。
安徽医科大学卫生管理学院的前身是1980年成立的安徽医学院农村卫生事业管理研究室，1984年被正式批准成立卫生管理系。1988年更名为卫生管理学院，由卫生部与安徽省政府共同投资建设，成为我国第一所卫生管理学院，目前也是全国卫生管理教育办学规模最大的学院之一。