1、含义不同：大学的系是按学科门类划分的，比系大的是学院，学院是按学科大类划分的。也就是大学分为若干个二级学院，每个二级学院下设若干个系，每个系又设立若干个本科专业或研究生专业。
2、包含内容大小不同：专业是一个小类，比如心理学专业，档案专业；但系是一个比较大的分类，比如心理学，档案学等都属于社会服务系。（举例说明，并非每个学校都一样）系一般是将相同的专业放在一起，可以达到各专业共同学习的目的。
3、等级大小不同：如果按等级分的话，系是包含专业的.，系比专业等级高。按序是这样排的：大学、学院、系、专业、班级。
4、定义不同：专业是“高等教育培养学生的各个专门领域”，是大学为了满足社会分工的需要而进行的活动。系，高等学校按照专业性质设置的教学行政组织。按照专业类别，一个高等学校可以分设若干个系，系以下设一个或几个性质相近的专业。