东海道本线： 米原站 - 神户站
琵琶湖线： 米原站 - 京都站
JR京都线： 京都站 - 大阪站
JR神户线： 大阪站 - 神户站
湖西线： 山科站 - 近江盐津站
大阪环状线： 大阪站 - 天王寺站 - 大阪站
樱岛线（JR梦咲线）： 西九条站 - 樱岛站
JR东西线： 京桥站 - 尼崎站
福知山线： 尼崎站 - 福知山站
JR宝冢线： 尼崎站 - 宝冢站
关西本线： JR难波站 - 龟山站
大和路线： JR难波站 - 加茂站
草津线： 草津站 - 柘植站
奈良线： 京都站 - 奈良站
片町线（学研都市线）： 京桥站 - 木津站
大阪外环状线（未开业线）： 新大阪站 - 久宝寺站
桜井线： 奈良站 - 高田站
和歌山线： 王寺站 - 和歌山站
阪和线： 天王寺站 - 和歌山站
关西空港线： 日根野站 - 关西空港站
北陆本线： 米原站 - 直江津站
小滨线： 敦贺站 - 东舞鹤站
越美北线（九头龙线）： 越前花堂站 - 九头龙湖站
七尾线： 津幡站 - 和仓温泉站
城端线： 高冈站 - 城端站
冰见线： 高冈站 - 冰见站
大糸线： 南小谷站 - 糸鱼川站
高山本线： 富山站 - 猪谷站
纪势本线： 和歌山市站 - 新宫站
纪乃国线： 和歌山市 - 白滨站
山阳本线： 神户站 - 下关站、兵库站 - 和田岬站
JR神户线： 神户站 - 西明石站
加古川线： 加古川站 - 谷川站
播但线： 姫路站 - 和田山站
姫新线： 姫路站 - 新见站
赤穂线： 相生站 - 东冈山站
津山线： 冈山站 - 津山站
吉备线： 冈山站 - 总社站
宇野线： 冈山站 - 宇野站
本四备讃线： 茶屋町站 - 児岛站
濑户大桥线：冈山站 - 高松站
伯备线： 冈山站 - 伯耆大山站
福盐线： 福山站 - 盐町站
艺备线： 广岛站 - 三次站
吴线（瀬户内小波线）： 三原站 - 海田市站
可部线： 横川站 - 可部站
岩徳线： 岩国站 - 栉滨站
山口线： 新山口站 - 滨田站
宇部线： 新山口站 - 宇部站
小野田线： 小野田站 - 居能站
美祢线： 厚狭站 - 长门市站
山阴本线： 京都站 - 幡生站、长门市站 - 仙崎站
嵯峨野线： 京都站 - 园部站
舞鹤线： 绫部站 - 东舞鹤站
因美线： 鸟取站 - 东津山站
境线： 米子站 - 境港站
木次线： 宍道站 - 备后落合站
三江线： 江津站 - 三次站
博多南线： 博多站 - 博多南站 信乐线 [特]： 贵生川站 - 信乐站 14.8km - 1987年7月13日废止。
信乐高原铁道转换 岩日线 [特]： 川西站 - 锦町站 32.7km - 1987年7月25日废止。
锦川铁道转换 若樱线 [特]： 郡家站 - 若樱站 19.2km - 1987年10月14日废止。
若樱铁道转换 能登线 [特]： 穴水站 - 蛸岛站 61.1km - 1988年3月25日废止。
能登铁道转换。→2005年4月1日废止 宫津线 [特]： 西舞鹤站 - 丰冈站 83.6km - 1990年4月1日废止。
北近畿丹后铁道转换 锻冶屋线 [特]： 野村站（现・西胁市站） - 锻冶屋站 13.2km - 1990年4月1日废止。
大社线 [特]： 出云市站 - 大社站 7.5km - 1990年4月1日废止。
七尾线 [地]： 和仓温泉站 - 轮岛站 48.4km - 1991年9月1日第1种铁道事业废止。同区间转换为第3种铁道事业者、运转移管至能登铁道。穴水站 - 轮岛站2001年4月1日废止。
美弥线 [干]： 南大岭站 - 大岭站 2.8km - 1997年4月1日废止。
可部线 [地]： 可部站 - 三段峡站 46.2km - 2003年12月1日废止。
富山港线 [地]： 富山站 - 岩瀬滨站 8.0km - 2006年3月1日废止。转换为富山Light Rail。
