子洲县辖双湖峪镇、何家集镇、老君殿镇、裴家湾镇、苗家坪镇、三川口镇、马蹄沟镇（瓜园则湾乡并入）、电市镇（李孝河乡、水地湾乡并入）、周家碱镇（高坪乡并入）、砖庙镇、淮宁湾11个镇、马岔镇（槐树岔乡并入）和驼耳巷乡，共有550个村委会。
双湖峪镇 辖城关居委会，双湖峪、峨峁峪、苏渠、三里路、姚家砭、张家寨、清水沟、漫滩沟、高家渠、曹家坪、宋家沟、高家园则、高家坪、杨大沟、姬石畔、佛堂墕、大窑墕、张家墕、李家阳湾、陈家坬、苗家墕、麻坪、曹碱、曹家沟、永红、后汪崖等26个村委会。
何家集镇 辖何家集、高家塔、玉皇岔、苗家沟、苗家坪、何家坪、阳坪、高家河、王家沟、张家渠、乔家墕、双圪塔、西则庄、李阳山、独龙坪、砖塔、樊家塔、老庄山、曹家沟、眠虎沟、石磕沟、李家墕、庆丰墕、封家坪、蛇家沟、西家圪崂、贺家渠、封家过洞、小谷家河、槐树墕、枣林坬等31个村委会。
老君殿镇 辖老君殿居委会，红柳湾、刘家源、刘家湾、南坬、加家塔、花寺湾、尚家沟、张家坪、黑泉沟、封家峁、封家岔、桃卜湾、王家坪、瓦窑沟、石畔沟、八龙王、崔家坪、老庄墕、铁连山、西山里、贺家渠、圐圙山、湫沟、石宅河、武家湾、翟家河、张圪台、张家渠、枣湾等29个村委会。
裴家湾镇 辖裴家湾、费家沟、沙湾、呼家岔、前小沟则、张家河、姜家源、邱家坪、关道峁、李家坪、圪针坪、后小沟则、拓家峁、园则坪、靳家塔、庞家沟、拓家崖窑、拓家砭、武家寨则、官王岔、榆林塔、柏山则、佛堂墕、吴家墕、陈圪崂、张家山、黄土坬、王家过洞、白地坬、张家崖、高家塔、寺家沟、毛家河、王家砭、郝家砭、刘家圪崂、陈家崖、周阳坬、王家园则、陈家兴庄、李家渠、王家三岔、谷卜峪、吴家庙沟、宋家窑则等45个村委会。
淮宁湾乡 辖后淮宁湾、庙沟、姜家湾、寺家坪、官庄、薛家城则、前淮宁湾、杜圪台、乔则沟、前张家渠、张家沟、王家山、后张家渠、薛家碱、郑家碱、宽墕、前清水沟、红旗梁、东坬、九沟、柳叶塌、千塌、李兴庄、麻家塌、李家庄、坬坪、王家山、杜家湾、王家湾、李家湾、拓家湾、张家寨、后清水沟、安家岔、马家坪、郑家圪崂、李家峁、沙河等38个村委会。
驼耳巷乡 辖驼耳巷、奥则塔、庙河峁、陈家大坪、郭家畔、阳庄、柳树峁、高崖畔、乔岔、马家崖、曹家墕、老山峁、阳渠、李家渠、刘家河、贺家墕、叶石湾、九滩沟、大沟、何家坪、园则坪、安家湾、黄峁河、白家岔、康家湾、高墕、牛圈湾、新窑湾、胡家沟、阳坬等30个村委会。
苗家坪镇 辖苗家坪居委会，苗家坪、董家湾、高家砭、畔沟、代家沟、水掌、桑园、常山、中庄、新庄、杜家沟、张家湾、王庄、焦渠、南丰寨、康家沟、东吴家沟、梁渠、冯庄、钟家碱、前吴家沟、后吴家沟、乔家沟、郭家沟、麻兴庄、足梁沟、佑所、薛家柳沟、何家沟、王岔、前钟家沟、后钟家沟、蔡家沟、小山则、老庄、石窑畔、东渠、牛兴圪塔、周家圪崂、景家沟、路碱、贺家碱、田山渠、大苗沟、苗家兴庄、艾家圪崂、党家沟、桥沟、艾家河、佟家坬、小苗沟、马家山、张家墕、徐家河、庙岔、园则沟、老庄沟等57个村委会。
三川口镇 辖阳湾、新安庄、麻地沟、尚家沟、李家墕、冯家墕、桃园山、田家沟、铁匠湾、马家沟、牛薛沟、蛇沟、川崖根、姬界、后米脂沟、前米脂沟、园则沟、杜沟岔、杜石畔、刘家沟、林兴庄、王家墕、钟家砭、香炉沟、王家沟、袁阳湾、八塔湾、西庄、楼坪、驼巷、墕头、高墕、曹家河、常园、牛兴山、小场峁、吴家山、黑豆墕、艾兴庄、候石畔、仁义山、大沟石畔、刘启首、尚石磕、毕家碱等45个村委会。
马蹄沟镇 辖马蹄沟、马蹄沟盐业、三皇峁、三皇峁盐业、薛家崖盐业等5个居委会，马蹄沟、满堂沟、四旗里、清水沟、张家砭、徐家沟、碾盘沟、石湖峪、水浇湾、五玄沟、张圪台、王家沟、闫家沟、姜家崖、红庄、下姜家沟、吴家沟、李家坬、三皇峁、柴家圪崂、老庄沟、王家砭、瓦窑峁、薛家崖、袁家砭、栗家沟、李家砭、高家沟、前曹峁、芦草峁、后曹峁、吉利坪、赵家坪、梁家沟、杜家河、楼砭、党家峁、王家坪、冯甫渠、丰富庄、刘家坪、高家园则、小沟则、上姜家沟、三眼泉、叶家圪崂、巡检司、前吴家湾、后吴家湾、阳坬、郭家坟、段家湾、光裕沟等53个村委会。
瓜园则湾乡 辖瓜园则湾、吴家山、火石沟、西沟、桑坪、艾家畔、草湾、蒋兴庄、陈家沟、石畔峁、朱家阳湾、屈家山、王阳坬、麻地沟、苗塌则、刘家湾等16个村委会。
李孝河乡 辖李孝河、沙坪、磨石沟、芦草峁、常兴窑、向阳、拓家峁、李家坬、瓦窑渠、李崖窑、罗小台、白草坬、新窑尚、红花渠、聚才湾、大山、柳家墕、跃则梁、艾好咀等19个村委会。
电市镇 辖吴家园则、白家园则、张家洞、赵家寨子、赵家峁子、瓦窑山、庙坪、李家渠、李家河、巨财湾、畔沟、庙台、龙尾峁、曹渠、王庄、温家沟、李石子沟、席季台、张家沟、南沟、地道沟、干阳沟等22个村委会。
水地湾乡 辖后湾、前湾、官肠山、野狐峁、魏楼湾、唐渠、米家墕、梁家沟、杨兴庄、石垛坪、老石磕、王龙山、芮则坬、王家墕、麦地山、四合坪、白台、韩坪、杏咀沟、风翅圪塔、李家寨等21个村委会。
周家碱镇 辖周家碱居委会，赵场、庙沟、前湾、中湾、后湾、牛棚山、徐家沟、钟沟岔、梁家沟、杜庄、师庄、赵家沟、营盘、桥沟、康庄、阳庄、张家砭、白家沟、车家沟、上山岔、董家圪崂、南山岔、李银家沟等23个村委会。
马岔乡 辖马岔、孟山、罗卜渠、葛家沟、麻湾、马石畔、新窑尚、教场、柳湾、大寨、小寨、龙家沟、羊圈山、冰草墕、牛家沟、冯渠、大堡岔、尚家沟、续家湾、杜家沟、武家沟、师家坪、吴家岔等23个村委会。
槐树岔乡 辖槐树岔、芹园、西沟、黄柏沟、刘塔、十垧坪、王家坪、张石畔、因元、张家山、柏树墕、好地洼、月树台、羊山、酒河坪、崖窑坪、黄蒿梁、曹家河、芦草咀、仓窑沟、二滴哨、大坪、大窑湾等23个村委会。
高家坪乡 辖高家坪、刘家园则、马家阳湾、马家坪、庙沟、董家圪堵、纸房、党家坪、范家沟、冯家墕、狼牙刺湾、申沟、吴家塔、吴家沟、惠家砭、常兴庄、延家河、大坪台、阎家沟、梨树台、坬墕等21个村委会。
砖庙镇 辖砖庙、呼家碱、枣树碱、曹家碱、拓家畔、花石崖、石家坪、新窑湾、曹家沟、暖泉沟、苏家坪、羊圈山、毛家圪台、东渠、石家坬、新庄科、白家湾、中墕、桑树渠、牛心峁、祁家山、董家墕、花豹渠、阳坬、闫家山、李家河、彭家河、美谷界等28个村委会。