拥有内科学、外科学、神经病学、儿科学、皮肤性病学、耳鼻喉科学等 6个二级学科硕士学位授权点和心血管、呼吸、血液、消化、内分泌、肾病、风湿、传染、普外、骨外、泌尿外、胸心外、神经外、整形外、烧伤野战等15个三级学科硕士学位授权点,每年招收硕士生160多人,并与中山医科大学共同招收博士研究生，2010年与南方医科大学联合培养博士生。 整形外科是广东省卫生厅特色专科和省级重点扶持学科，整形外科、皮肤性病科、肾内科、呼吸内科、儿科、妇产科、肝胆外科、神经内科等 8个学科为广东医学院重点学科。
医院设有整形外科、皮肤性病、肾脏病和呼吸疾病等 4个研究所,血液疾病、心血管疾病、妇产科学、神经病学、儿科学、肝胆外科、耳鼻喉科、老年病、护理、医院管理等10个研究室；有诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼科学、口腔科学、整形科学、耳鼻喉科学、皮肤性病学、中医学、神经精神病学、传染流行病学、麻醉学、放射诊断学、核医学、超声诊断学等20个教研室。设有 急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、神经内科、感染内科、 眼科、整形科、口腔科、耳鼻喉科、皮肤性病科、中医科、肿瘤科、麻醉科、康复科、理疗科、老年病科、ICU等19个二级临床专科和血液内科、心血管内科、呼吸内科、肾内科、消化内科、内分泌内科、胸外科、肝胆外科、胃肠外科、泌尿外科、骨外科、神经外科、烧伤外科、小儿外科、妇科、产科、计划生育、儿内、新生儿、肿瘤放疗、肿瘤化疗、心理康复、肾移植中心、肝移植中心等27个三级临床专科;医技科室有药剂科、检验科、病理科、超声科、核医学科、放射科(包括介入室、CT室、磁共振诊断中心)、胃镜室、心电图室、神经电生理检查室(包括脑电图室、脑彩超室、肌电图室)、放疗机房、肺功能室、营养室、消毒供应室、高压氧室、手术室、中心实验室等17个。
