黄丹文的学术成就颇丰，她在医学领域的研究得到了多个奖项的认可。2005年12月，她的论文《某市3所医院职工乙型肝炎病毒感染状况调查研究》荣获第十三届浙江省自然科学优秀论文奖，被评为二等奖，排名首位。
次年7月，她的另一篇论文《绍兴市中小学教师脂肪肝的相关因素研究》在绍兴市2003-2004年度自然科学优秀论文评选中脱颖而出，获得三等奖，同样以第一作者的身份出现。
在2004年，黄丹文的科研成果《医院内不同岗位职工HBV感染特征的研究》为她赢得了绍兴市科学技术奖的三等奖，她作为主要贡献者之一。
在教学领域，2009年2月，她的论文《医疗改革中医学生临床实习教学的探讨》获得了绍兴市第12届(2005-2006)哲学社会科学优秀成果奖三等奖，显示了她在教育方面的贡献。
在科研技术方面，2007年4月，她的《Toll样受体基因多态性与肝硬化内毒素血症的相关性研究》获得了2007年浙江省医药卫生科技创新奖，尽管排名第三，但体现了她的技术实力。
此外，黄丹文在教书育人方面也备受肯定，连续多年被评为校级优秀教师，反映了她在教育工作中的卓越表现。
她在服务社会方面也有所贡献，2004年和2007年分别被评为绍兴市冬季和征兵工作的先进个人，展示了她的社会责任感。
作为学科领军人物，2003年，黄丹文成为了医学院的优秀共产党员，体现了她在团队中的领导力和影响力。
最后，2009年，黄丹文指导学生在浙江省第一届大学生医学学科竞赛中获得三等奖，充分展示了她的指导能力和学生的学术成就。