2003年12月18日，国务院批准（国函[2003]131号）调整遂宁市行政区划，撤销原市中区，设立了船山区和安居区。船山区的设立包括了原市中区的部分乡和镇，具体如下：唐家、北固、西宁、保升、老池乡以及桂花、新桥、南强、复桥、仁里、永兴、河沙7个镇，还有高升、南津、凯旋、镇江寺、介福、育才、富源路、广德、嘉禾9个街道。区政府的办公地点设在北辰街。
2000年，原市中区管辖范围广泛，包括5个街道、21个镇和13个乡，总人口1355388人，涵盖了多个镇乡和街道，如城北街道、城西街道、城南街道、城东街道、开发区嘉禾街道等，以及南强镇、仁里镇、复桥镇等。此外，还有彝族、藏族等多民族分布。
2004年，船山区的行政区划进行了调整，新增设了九莲街道办事处，由遂宁开发区管委会代管。同时，船山区下辖的区域调整为13个街道（如广德、九莲等）、7个镇（如南强、新桥等）和5个乡（如北固、唐家等）。九莲街道办事处源自北固乡的部分区域，设有北兴、九莲两个社区居委会。
至2008年，船山区的行政区划稳定，包括13个街道、7个镇和5个乡，其中九莲街道仍由遂宁开发区管委会代管。这次调整进一步明确了船山区的行政区域划分和管理机构。
遂宁市船山区是 2003年新设立的县级行政区，辖5乡、7镇、13个街道办事处，幅员面积618平方公里，总人口70万人，其中非农业人口40万人。2004年，船山区GDP达52.4亿元，地方财政收入20678万元，城镇居民人均可支配收入7250元，农民人均纯收入2803元，在近五年首次实现两位数递增。