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抗体可变区测序怎么比对序列
单细胞免疫组库:TCR基因重排原理和TCR
测序
建库方法
答:
与常规10X单细胞转录组测序把barcode和UMI序列放在3'端不同,V(D)J测序要把barcode和UMI序列放在5'端。 样本逆转录的cDNA经过扩增后可以一分为二,一部分做5'端scRNA测序,另一部分用富集引物扩增V(D)J
序列测序
。在GEM-RT reaction之后,使用磁珠富集纯化带有10X barcode的第一链cDNA,然后PCR扩...
T细胞受体库
测序
答:
(1)V、D、J基因片段使用频率,CDR3 长度,插入及缺失碱基比例、CDR3氨基酸使用模式,不同抗原受体
序列
丰度及文库的多样性、克隆性;(2)检测并了解克隆性增生或抗原特异性的T细胞的特征;(3)追踪不同时间点疾病相关T细胞克隆变化;(4)通过TCR氨基酸序列研究不同个体间的共有免疫细胞克隆。相关概念:有效...
16S
测序
简介
答:
首先,实验的基石是选择合适的
可变区
并设计通用引物,对目标区域进行扩增与
测序
。在实验步骤中,重复实验的设置至关重要,通常建议至少3个重复,对于人体肠道这类复杂环境,10个以上重复能提高结果的可靠性。采集样品时,务必确保样本质量和处理过程的低温、快速,以保护核酸的完整性。分析流程则聚焦于数据处...
测序
结果
怎么
分析
答:
2、SrRNA基因包括保守区和
可变区
,保守区反映了物种间的亲缘关系,而可变区则反映了物种间的差异。16SrRNA基因
测序
一般是利用MiSeq对16SrRNA基因的V3-V4可变区进行测序,以此来研究微生物多样性。3、SrRNA测序是测其上若干个可变区。这些可变区是species-specific的,可以根据这些可变区的
序列
特征识别出其...
干货| 盘点RACE技术的几种类型及特点
答:
RACE技术的舞台广阔,从构建cDNA文库到lncRNA的全长克隆,再到
抗体可变区序列
的揭示,无所不能,它的身影在测定cDNA序列的领域里熠熠生辉。Adapter-Ligated RACE,解锁长链的秘密: 这个技术巧妙地利用T4连接酶,将cDNA末端与适配器相连,虽然它可能不提供全长,但对于长链mRNA的分析提供了可能性。短链cDNA...
扩增子
测序
和高通量测序区别
答:
讲述一下扩增子
测序
的基本知识。目前,常用的微生物多样性测序产品是基于二代测序的短读长(PE250)策略,对细菌或真菌的某一段
可变区
进行测序,如16S V3和V4区,18S V4区或ITS1区等,通过对测序结果的分析,可以揭示环境样品中的物种组成,物种多样性特征,预测基因功能信息等。由于方法学的进步和广泛...
人鼠嵌合
抗体
的制备流程
答:
1、通过质谱法/RT-PCR/RAC等方法对
可变区
的进行
序列
分析,获得重轻链可变区基因序列。2、通过基因合成/RACE/RT-PCR等技术手段,获得重轻链的可变区DNA序列,并将可变区DNA序列亚克隆至含有人
抗体
恒定区的表达载体上,通过酶切、
测序
等验证手段,验证质粒构建的准确性。3、制备去内毒素质粒,瞬时转染二...
通过保守
序列测序
来鉴定微生物,可靠性有多少
答:
在细菌基因组中,编码 16S rRNA 的 rDNA 基因具有良好的进化保守性,适宜分析的长度(约为1.5kb),以及与进化距离相匹配的良好变异性,所以成为细菌分子鉴定的标准标识
序列
。16S rDNA
测序
即是对16S rDNA特定
可变区
(可选择单可变区或是多可变区)进行PCR扩增,再结合高通量测序和生物信息分析,帮助研究...
目前用于
测序
的技术主要有哪些?
答:
1977)发明的化学降解法。这两种方法在原理上差异很大,但都是根据核苷酸在某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,产生A,T,C,G四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得DNA
序列
。目前Sanger
测序
法得到了广泛的应用。
单克隆
抗体
与基因克隆技术相结合
答:
本文从分泌抗肝癌mAb的杂交瘤细胞(HAb18)中,用RT-PCR,克隆出
抗体可变区
基因,其关键是PCR引物的设计。大多数研究者设计合成的引物,通常是针对V区FR1 5′端(或信号肽)的保守
序列
和J基因3′端序列(或恒定区基因序列)而设计的,特异性不够强,不能有效地扩增某些目的基因。Pharmacia公司噬菌体呈现系统中的混合引物,...
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