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blast多序列比对
如何在进行基因
序列比对
答:
1、搜索找到NCBI方网站。2、找到
BLAST
选项并点击进入。3、在“Basic
Blast
”内找到核酸
blast
并点击进入。4、在输入查询的对话框中打入目标
序列
, 勾选“Align two or more sequences”,可以输入两个以及三个以上的序列选项进行对比。5、把两段或者两段序列输入后,点击Blast进行
比对
,几秒钟后查看结果。
序列比对
与
blast
答:
1、Global alignments 全局比对:尽可能保证两条序列的碱基都能配对,因此会有比较多的错配和gap,但是不会对序列两端对gap进行罚分。2、Local alignments 局部比对:尽可能的找到能最优匹配对子区域。3、
多序列比对
:常用的软件为: mafft, muscle, clusta-omega, t-coffee等,是全局比对。4、
BLAST
(...
详细介绍双序列比对、
blast
以及
多序列比对
的区别,以及均适用于哪些场...
答:
BLAST
:BLAST[1](Basic Local Alignment Search Tool)是在在1990年由Altschul等人提出的双序列局部比对算法,是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST是一种启发式算法,用于在大型数据库中寻找
比对序列
,是一种在局部比对基础上的近似比对算法,可以在保持较高精度的情况下大大减少程序运行的时...
在
Blast
里面进行
序列比对
,相似度主要看哪个值
答:
不太明白你想问什么。用vector NTI等可以对两个
序列
进行
序列比对
,给出的positive值就可以看出同源度了。 若同时拿家族中3个序列进行比对,就可以得到进化树,更直观一点。
本地
blast序列比对
结果怎么看
答:
BLAST
的这个页面主体部分(左面)包括了三部分:BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思,我就不多说了;我要说 的是,可以认为这是三种
序列比对
的方法,或者说是BLAST 的三条途径。第一部分BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种,点击...
ncbi常用的
序列
搜索
比对
工具是
答:
NCBI还提供了多种不同类型的
BLAST
工具,如用于核酸
序列比对
的BLASTn、用于蛋白质序列比对的BLASTp等,以满足不同研究需求。这些工具的使用非常简单,用户只需在NCBI网站上的BLAST界面输入待查询的序列,选择相应的数据库和比对参数,即可快速获得比对结果。这些结果可以帮助研究者了解序列的相似性和进化关系等...
BLAST
套件的
blast
n、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途...
答:
1、
blast
n是将给定的核酸
序列
与核酸数据库中的序列进行比较。2、blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较,可以寻找较远的关系。3、blastx则是将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行
比对
,对分析新序列和EST很有用。4、tblastn将给定的氨基酸序列与...
同源序列查找、
多序列比对
、位点特异性反复比对
答:
对于在线比对,ExPASy-Clustal W是一个好选择。它不仅支持直接在网页上进行
多序列比对
(MSA),还能将结果无缝导向系统发育分析。
BLAST
,这个强大的工具,通过将查询序列与数据库中的序列进行比较,揭示出局部相似性区域,为你的研究提供了有力支持。而位置特异性迭代(PSI)-BLAST则在此基础上更进一步。它...
blast比对
结果不一致说明什么
答:
你在用DNAMAN的
多序列比对
时,在弹出的对话框中可能没有选择“尝试使用双链”吧?包括编码链和非编码连的比对,你测序得到的目的片段可能是非编码链(即你目的基因的编码链的互补序列),而NCBI中提交的序列都是编码链的序列。
本地
BLAST序列比对
答:
本地
BLAST
是一种用于
序列比对
的技术,其操作方式主要包括建立
比对序列
库、序列和库的局部比对以及输出比对结果。建立比对序列库时,需要运行本地BLAST的make
blast
db命令,通过输入相应的参数进行操作,如输入序列文件名、数据库类型和数据库名等。进行序列和库的局部比对时,需要使用blastn或其他比对工具,通过...
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