中华人民共和国兰州海关的机构职能主要由办公室和审单技术处两大部门承担，分别负责综合协调和审单业务管理工作。办公室作为关长的综合管理部门，其职责包括：
协助协调各部门间及与其他单位的工作
起草和审核各类文稿，管理政务信息化平台
推动业务改革调研，提供决策方案
组织各类会议并监督执行
负责文书处理、档案管理及机要保密
管理行政印章和业务印章刻制
发布信息和指导全关信息工作
负责新闻报道和宣传
监督执行会议决议、领导指示等
参与口岸建设和干部值班安排
处理突发事件和业务整合
组织政策理论研究和政研工作
管理法规征订和分发，处理来访事宜
接待社会公务活动和管理礼品
指导关务公开工作及法制工作
处理介绍信和对外联络事务
负责本关外事工作
审单技术处则负责审单业务和技术管理，具体包括：
组织电子审单和集中审单工作，指导业务现场
协调规章制度实施，研究操作规程
进行审单作业绩效分析和改进工作
处理疑难问题和特殊事务，参与系统维护
风险分析与数据监控，提出处置建议
涉及H2000系统的修改、运行维护和权限管理
负责部分行政许可审批
制定科技发展规划和技术管理规章制度
管理信息化系统和网络通信
科技项目立项、开发和经费管理
组织技术交流和培训
承担中国电子口岸数据中心兰州分中心任务
两个部门的办公地点均设在兰州市安宁区银安路9号。