二者的主要区别如下：一是法律依据不同： 税务代理是依据《税收征收管理法》开展业务的；代理记账则是依据《会计法》《代理记账管理办法》开展业务的；二是业务范围不同： 税务代理人在其权限内，以纳税人(含扣缴义务人)的名义代为办理纳税申报，申办、变更、注销税务登记证，申请减免税，设置保管账簿凭证，进行税务行政复议和诉讼等纳税事项的服务活动； 而代理记账是指受托对企业进行的会计核算、记账、报税等一系列的会计工作；三是法律后果不同： 税务代理行为是以纳税人（含扣缴义务人）的名义进行的，必须是具有法律意义的行为，税务代理的法律后果直接归属于纳税人(含扣缴义务人）。
而代理记账则要承担约定范围内的法律责任。
四是资格要求及认定不同: 税务代理资格认定由税务机关认定颁发；代理记账资格由财政部门认定颁发。
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