目前公认的生物界分类，是按分类阶元物划分为:界、门、纲、目、科、属、种。
这种
生物分类法是用生物分类学方法来对生物的物种分组和归类的办法。以级别为基础的系统层次结构中使用的一个固定数量的层次，域、界、门、纲、目、科、属和种。无级别系统使用任意数量的层次。分类的群体被称为分类单元。
列入阶元系统中的各级单元都有一个科学名称。分类工作的基本程序就是把研究对象归入一定的系统和级别，成为物类单元。所以分类和命名是分不开的。
种和属的学名后常附命名人姓氏，以标明来源，便于查找文献。变种学名亦采取三名制，分类名称要求稳定，一个属或种(包括种下单元)只能有一个学名。一个学名只能用于一个对象(或种)，如果有两个或多个对象者，便是“异物同名”，必须于其中核定最早的命名对象，而其他的同名对象则另取新名。这叫做“优先律”，动物和植物分类学界各自制订了《命名法规》，所以在动物界和植物界间不存在异物同名问题。“优先律”是稳定学名的重要措施。优先律的起始日期，动物是1758年，植物是1820年，细菌则起始于1980年1月1日。
现代生物分类法源于林奈的系统，他根据物种共有的生理特征分类。在林奈之后，根据
达尔文关于共同祖先的原则，此系统被逐渐改进。近年来，分子系统学应用了
生物信息学方法分析基因组DNA，正在大幅改动很多原有的分类。
卡尔·林奈（Carolus Linnaeus,1707–1778）的巨著《自然系统》在其一生中被改编过12次（1735年第一版）。在此书中，自然界被划分为三个界：矿物、植物和动物。林奈用了四个分类等级：纲、目、属和种。林奈所建立了用于命名所有物种的学名的方法，并沿用至今。在林奈之前，命名一个物种需要很长的包括许多单词的名称，其中包括了对物种的描述，并且这些名称不固定。林奈将物种名称统一成两个单词的
拉丁文名称，即学名，由此分开了命名法和分类法。这种生物命名的方法称作
双名法，具体命名办法和书写规则参见双名法条目。
1859年达尔文出版了
《物种起源》一书，
进化论的确立及
生物科学的发展，使人们逐渐认识到现存的生物种类和类群的多样性乃是由古代的生物经过几十亿年的长期进化而形成的，各种生物之间存在着不同程度的亲缘关系。分类学应该反映这种亲缘关系，反映
生物进化的脉络。
现代生物分类学研究生物的系统发育，特别强调分类和系统发育的关系。在研究分类的过程中，分类学家追求的是划分的分类单元应是“自然”的类群，提出的分类系统力求反映客观实际，也就是说要符合系统发育的原则。因为系统发育的亲缘关系是生物进化过程的实际反映。因此，研究各生物类群的分类学家，都把组建该类群的系统发育作为主要目标，以便在此基础上按照生物系统发育的历史，编制生物的多层次分类系统，即自然分类系统。
植物的自然分类法是以植物的形态结构作为分类依据，以植物之间的亲缘关系作为分类标准的分类方法。从生物进化的理论得知，种类繁多的植物，实际上是大致同源的。物种之间相似程度的差别，能够显示出它们之间亲缘关系上的远近。判断植物之间的亲缘关系的方法，是根据植物之间相同点的多少。随着科学的发展，植物的分类已经不仅以形态结构为依据，而且得到了生理学、
生物化学、遗传学和古植物学等学科的密切配合。各国植物学家正在这方面继续展开深入的研究，以便使植物分类的方法更加完善。
动物的自然分类方法更加复杂，主要是根据同源性进行分类。分类学家必须考虑多种多样的特征，这些特征包括：结构、功能、生物化学、行为、营养、胚胎发育、遗传、细胞和分子组成、进化历史及生态上的相互作用。特征越稳定，在确定分类时就越有价值。