汽车合格证上完牌后不会退还，会存入机动车档案。
根据《机动车登记工作规范》第二章办理注册登记：
第八条 下列资料存入机动车档案：
（一）《机动车注册登记申请表》原件；
（二）《机动车注册/转入登记表》原件；
（三）《机动车登记业务流程记录单》原件；
（四）机动车所有人和代理人的身份证明复印件；
（五）机动车的来历凭证原件或者复印件。其中，全国统一的机动车销售发票、《协助执行通知书》和国家机关出具的调拨证明必须是原件；
（六）国产机动车的整车出厂合格证原件；进口机动车的进口凭证原件；
（七）车辆购置税的完税证明或者免税证明副联原件。
扩展资料
《机动车登记工作规范》中规定：
第六条 车辆管理所应当在计算机登记系统中录入下列事项，并将相应事项签注在《机动车注册/转入登记表》和《机动车登记证书》的相应栏目内：
第十四点 机动车来历凭证的名称、编号和进口机动车进口凭证的名称、编号以及车辆购置税完税或者免税证明的名称、编号：
按照相应凭证、证明录入；其中，调解、裁定、判决或者仲裁裁决所有权转移的机动车，录入《调解书》、《裁定书》、《判决书》或者《仲裁裁决书》的名称、编号；继承、赠予、协议抵偿债务的机动车，录入继承、赠予、协议抵偿债务的相关文书的名称、编号；调拨的机动车，录入调拨证明的名称、编号；
第十七点 注册登记日期：按照确定机动车登记编号的日期录入；没收的走私机动车按照机动车出厂年份录入年，按照确定机动车登记编号的月、日录入月、日。
参考资料来源：中国政府网-机动车登记工作规范
1、会，车辆合格证是厂家生产出来的车随车一份的，是唯一的。如果现在是一辆没有上牌照的新车，只能向厂家回报情况，厂家会以邮寄的形式再发一份过来；
2、是不需要花钱的。但是必须由买车的经销商直接和厂家联系才成。如果是已经上牌的车，合格证就在验车时被车管所收走备案了，也不需要它了。有的车管所会给留个复印件，也是用不上的。
说明：
1、车辆使用说明书。用户必须按照车辆使用说明书的要求合理使用车辆。若不按使用说明书的要求使用而造成的车辆损害，厂家不负责三包。使用说明书同时注明了车辆的主要技术参数和维护调校所必须的技术数据，是修车时的参照文本；
2、有些车辆发动机有单独的使用说明书，有些车辆的某些选装设备有专门的要求或规定，这时消费者都要向经销商索要有关凭证。检查汽车与其名牌是否相符，检查发动机号、车架号、产品合格证及出厂日期等一系列汽车的唯一合法标识。
本回答被网友采纳