1929年，遗体由北京移葬南京紫金山南麓的中山陵。
1925年（民国十四年）3月12日，因患肝癌在北京逝世。逝世前夕签署的遗嘱，包括《国事遗嘱》、《家事遗嘱》和《致苏俄遗书》三个文件。在国事遗嘱中，他总结了40年的革命经验，得出结论说：“必须唤起民众，及联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗。”发出了“革命尚未成功，同志仍须努力”的号召。
遗嘱指出，要按他“所著《建国方略》、《建国大纲》、《三民主义》及《第一次全国代表大会宣言》，继续努力，以求贯彻”。在家事遗嘱中，说明将遗下的书籍、衣物、住宅等留给宋庆龄作为纪念，要求子女们继承他的革命遗志。在致苏俄遗书中，阐明他实行三大革命政策，坚持反帝爱国事业的坚定信念，表示“希望不久即将破晓，斯时苏联以良友及盟国而欣迎强盛独立之中国，两国在争世界被压迫民族自由之大战中，携手并进，以取得胜利”。1929年，遗体由北京移葬南京紫金山南麓的中山陵。
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