工程结算审计单位在审计过程中确实有权对施工过程中变更工程的单价进行审查和核定，但不是擅自更改。审计单位的职责是对建设工程的结算费用进行审查、核实、评价和监督，以确保工程造价的合理性、合法性和有效性。
具体情况如下：
1. 合同约定和协商：如果施工过程中变更工程的单价已经在施工合同中明确约定或者经过双方协商确定，并且符合相关法律法规和规范标准，那么审计单位应尊重合同约定，不得擅自更改。审计的目的是核实是否按照合同约定进行，而不是重新变更合同约定。
2. 按规定调整：如果施工过程中变更工程的单价没有在施工合同中约定或者没有经过双方协商确定，或者与相关法律法规和规范标准不符，审计单位可以根据实际情况和行业规则，对单价进行调整或者重新确定，并且要说明调整或确定的依据和原因。审计单位应根据合理标准和定额对单价进行核查和评估，确保变更工程的单价合理合法。
3. 风险控制：如果施工过程中变更工程的单价存在虚假、不合理、重复等问题，审计单位有责任对单价进行核减或者拒绝认可，并且要提出相应的处理意见和建议。审计单位在发现问题时，应及时报告相关部门，防止不良行为损害国家和社会的利益。
总体而言，工程结算审计单位应严格遵循法律法规和职业准则，对变更工程的单价进行审查和核实，保证审计工作的公正性、客观性和合法性。审计结果可以作为重要的参考依据，帮助业主、建设单位和监管部门判断工程造价是否合理，确保工程质量和资金使用的合规性。