综合所得年度自行申报是指每个月单位发放工资时正常扣税，之后在第二年由纳税人自己前往税务部门办理个税专项附加扣除，再由税务部门进行退税。
企业所得税处理规定如下：
1、财政性基金，指的是企业取得的来源于政府以及其有关部门的财政补助、补贴和贷款贴息，以及其他各类的财政专项资金，还包括直接减免的增值税和即征即退、先征后退以及先征后返的各种税收，但是不包括企业按照规定取得的出口退税款;所称的国家投资，指的是国家以投资者身份投入到企业、并且按照有关的规定相应增加企业实收资本的直接投资；
（1）企业取得的各类财政性资金，除了属于国家投资和资金使用之后要求归还的本金的以外，全都应该计入到企业当年的收入总额；
（2）对于企业收取的由财政部、国家税务总局规定的专项用途并且经过国务院批准的财政性资金，准予作为不征税的收入，在计算应纳税所得额的时候从收入总额当中减除；
（3）企业不征税的收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额的时候扣除，其计算的折旧、摊销不可以在应纳税所得额的时候扣除；
2、政府性基金和行政事业性收费。
（1）纳入预算管理的事业单位或者社会团体等组织按照核定的预算和经费报领的关系由财政部门或者是上级单位拨入的财政补助的收入，准予作为不征税的收入，在计算应纳税所得额的时候从收入总额中减除，但是国务院和财政部、还有国家税务总局另有规定的除外；
（2）企业收取的各种基金、收费，全都应该计入到企业当年的收入总额。对于企业依照法律、法规及国务院有关规定收取并且上缴财政的政府性基金和行政事业性收费，准予作为不征税的收入，于上缴财政的当年在计算应纳税所得额的时候从收入总额中减除;未上缴的财政部分，不可以从收入总额中减除；
（3）企业按照规定缴纳的、由国务院或者是财政部批准设立的政府性基金以及国务院和省、自治区、直辖市人民政府以及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费，准予在计算应纳税所得额的时候扣除。
