在进行无形资产转让时，税务处理涉及多个环节。转让方需注意印花税和营业税的计算。如果以无形资产交换非货币性资产，印花税会根据两份合同分别计算，转让方还需就换回的货物可能涉及的消费税和增值税进行账务处理。转让收入在扣除税费和无形资产账面净值后，还需缴纳企业所得税。企业在转让前需充分考虑各种因素，以优化整体税负和提升净收益。
例如，三源株式会社在2003年5月20日转让无形资产，收取48万元，账面价值为6万元，不考虑城建税和教育费附加。根据《营业税暂行条例》，转让无形资产需按5%税率缴纳营业税，即应纳2.4万元（48×5%）。
在会计处理上，转让无形资产有两种方式：所有权转让和使用权转让。所有权转让时，企业需借记“银行存款”并贷记“无形资产”等科目，同时处理相关的减值准备和税费，可能产生“营业外收入”或“营业外支出”。而使用权转让则保留所有权，不注销无形资产账面价值，相应借记“银行存款”，贷记“其他业务收入”和“其他业务支出”，并记录相关税费。
以下是三源株式会社在两种情况下的具体会计处理：
借：银行存款 480,000
贷：无形资产 60,000
应交税金 24,000
营业外收入——出售无形资产收益 396,000
借：银行存款 480,000
贷：其他业务收入 480,000
借：其他业务支出 24,000
贷：应交税金——应交营业税 24,000